그러나 이월결손금을 잉여금을 한도로 차감할 경우 자본잉여금 중 각 사업연도 소득금액의 계산에 있어서 익금에 산입되지 않는 주식발행액면초과금까지 구분하지 않고 전액 차감토록 하고 있다.
조세전문가들은 이 경우 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 과세되지 않은 자본잉여금이 청산소득금액에 산입하게 돼 청산소득에 대한 법인세로 과세됨으로써 자본과세의 문제가 발생하게 된다고 지적한다.
이에 따라 조세전문가들은 공평과세를 위해 이월결손금을 차감하는 잉여금의 범위에서 주식발행액면초과금 등을 제외함으로써 자본과세를 방지하는 것이 타당하다고 주장하고 있다.
