재건축조합은 조합원들과 제3자로부터 토지를 이전받아 그 토지 위에 건축물을 지어 조합원들과 일반인들에게 분양한다. 그런데 재건축조합은 조합원들에게 분양할 토지에 대하여는 취득세를 부담하지 않으나 일반인에게 분양할 토지에 대하여는 취득세를 부담한다. 따라서 일반인에게 분양할 토지를 어떻게 구분하여 특정할 것인지가 문제된다.
예를 들어 A재건축조합이 조합원들로부터 800의 토지를 신탁받고, 제3자로부터 200의 토지를 매입하였다고 하자. 그리고 전체 1000의 토지 중 30%에 해당하는 300의 토지는 일반인에게 분양할 예정이다.
이 경우 A재건축조합은 조합원 분양분을 제외한 일반인에게 분양할 300의 토지에 대해서는 취득세를 내야 한다. 그렇다면 그 구분은 어떻게 될까?
첫번째 방법으로 800과 200의 토지 중 각 30%의 토지가 일반분양분이라고 보아야 할까? 아니면 두번째 방법으로 제3자로부터 매입한 200의 토지가 먼저 일반분양되고 나머지 100의 토지는 조합원들로부터 신탁받은 토지로 충당된다고 보아야 할까?
이 질문이 중요한 이유는 위 두 가지 방법에서 각각 산정되는 취득세 부담액이 달라지기 때문이다.
대법원은 이 경우 원칙적으로는 실지귀속에 따라 가려야 하지만, 조합원으로부터 받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지가 전체적으로 하나의 단일한 사업부지로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없다면 특별한 사정이 없는 한 제3자로부터 매입한 토지가 우선적으로 일반인에게 분양되는 것으로 보아야 한다고 판단하였다. 즉 대법원은 위 두 가지 방법 중 두번째 방법이 타당하다고 보았다.
만약 첫번째 방법에 따르면 재건축조합이 취득세를 과다하게 내는 문제가 발생한다. 재건축조합은 제3자로부터 200의 토지를 매입할 때 200의 토지 전부에 대해 취득세를 납부한다. 위 토지 중 70%는 조합원에게 귀속될 토지이지만 지방세법은 재건축조합이 제3자로부터 매입한 토지 중 조합원에게 귀속되는 토지라고 하여 특별히 취득세를 비과세하지는 않기 때문이다.
그리고 재건축사업이 종료되면 재건축조합은 조합원들로부터 신탁받은 토지 중 일반분양분 토지에 대하여 취득세를 내야 한다. 그리고 첫번째 방법에 따르면 일반분양분 토지는 800의 30%인 240이 된다. 결국 이 방법을 따르면 재건축조합은 440의 토지에 대해 취득세를 내야 하는 셈이다. 이는 상식적으로 납득하기 어렵다. 재건축조합이 취득세를 내야 하는 것은 일반분양분 토지 300인데 첫번째 방법을 따를 경우 440의 토지에 대해 취득세를 내야 하기 때문이다.
이에 따라 대법원은 두번째 방법이 타당하다고 보았다. 즉, 대법원은 재건축조합이 제3자로부터 추가로 토지를 매입하는 주된 이유는 조합원들이 신탁한 토지가 부족하기 때문이므로 이는 우선적으로 일반인에게 분양될 토지로 보는 것이 당사자의 의사에 부합한다고 보았다.
또한 재건축조합이 조합원들로부터 신탁받은 토지를 취득세 비과세대상인 조합원용 토지로 사용할 수 있음에도 이를 일반인분양용 토지로 사용한다고 보는 것은 합리적이지 않다고 보았다.
따라서 대법원은 재건축조합이 제3자로부터 200의 토지를 매입하며 취득세를 부담한 이상, 추가적으로 100의 토지에 대하여만 취득세를 납부하면 된다고 본 것이다. 이러한 결론은 재건축조합의 의사나 이중과세의 측면에서 모두 합리적이라고 본다. 대상판결을 통해 향후 재건축조합의 일반분양분 토지에 대한 취득세 산정 및 납부가 합리적으로 정리될 것으로 기대한다. 대법원 2015.10.29.선고 2010두1804 판결
