감사원은 3일 "최근 A회사가 '납부불성실가산세는 납세의무 확정시기를 기준으로 부과돼야 하는데, 국세청이 납세의무 성립시기의 세법을 적용해 가산세를 부과한 것은 잘못됐다'며 심사청구를 제기했으나 이같은 이유로 청구를 기각하게 됐다"고 밝혔다.
감사원에 따르면 A회사는 지난해 5월 3일 법인세할 주민세 1억600여만원을 법정납부기한(4월 30일)을 사흘 넘겨 납부했으며, 개정된 세법에 따라 3일 늦은 납부에 대해 일할계산을 통해 납부불성실가산세 9만5750원을 냈다.
그러나 국세청은 "주민세 납부불성실가산세는 납세의무가 성립한 2003년 12월말일 현재 적용되는 세법에 따라 내야한다"며, 2004년 7월 개정전 세법에 따라 가산세율 20%를 적용해 납부불성실가산세로 2110여만원을 추가로 부과고지 했던 것.
이에 앞서 정부는 2003년 9월 헌법재판소가 하루만 늦게 취득세를 내도 20%의 가산세를 부과하는 것에 대해 헌법불합치결정(헌재2003헌바16)을 내리자, 2003년말 미달납부한 기간 동안의 이자상당액만 가산세를 물리도록 지방세법을 개정했었다.
감사원은 결정문(감심2005-0004. 2005.01.27)에서 "세금의 부과는 납세의무의 성립시에 유효한 법령의 규정에 의해야 하며, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용해야 한다"고 밝혔다.
감사원에 따르면 현행 세법에서 법인세는 과세기간이 종료하는 때, 법인세할 주민세는 법인세납부의무가 성립한 때, 그리고 그 가산세는 이를 가산할 지방세의 납부의무가 성립하는 때에 각각 납부의무를 지우고 있다.
이에 따라 감사원은 "A회사의 법인세할주민세 납부불성실가산세의 납부의무 성립시기는 법인세 납부의무성립일인 2003년 12월 31일"이라며 "2003년 법인세할주민세 가산세에 대한 적용 법령도 이 당시의 법령을 적용해야 한다"며 A회사의 청구를 기각했다.
한편, 개정된 지방세법 부칙에선 법 시행일을 2004년 1월 1일로 하고, 취득세 가산세와 관련해선 아직 신고납부하지 않거나 불복계류중인 사건에 대해선 개정된 세법을 소급해서 적용토록 규정하고 있다.
이와 관련 감사원은 "취득세에 대한 납부불성실가산세와 동일한 날짜에 같은 방식으로 계산하도록 개정된 등록세나 소득할주민세에 대한 납부불성실가산세 대해선 (지방세법에서)적용례를 달리 두고 있지 않고 있다"며 주민·등록세는 소급 적용할 수 없다는 뜻을 밝혔다.
