세법은 일정한 요건을 갖춘 경우 취득하는 부동산에 대한 취득세를 감면하는 규정을 두고 있다. 반면, 그 취지에 맞지 않게 부동산을 사용하는 경우 감면된 취득세를 추징하도록 하고 있다.
이와 관련 지식산업센터에 대한 취득세 감면규정의 적용여부가 문제가 된 사건이 발생했다. 세법은 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 사업시설용으로 직접 사용하거나 사업시설용으로 분양하거나 임대하고자 하는 자의 지식산업센터 신축취득에 대해 취득세를 감면하도록 했다. 하지만 취득일로부터 5년 이내에 다른 용도로 분양 및 임대하는 경우 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다.
대법원은 지식산업센터를 신축하여 취득한 자가 이를 사업시설용으로 사용하려는 자에게 '직접' 분양하거나 임대한 경우에 취득세가 감면되고, 임대업자에게 분양하고 임대업자가 용도에 맞게 분양하거나 임대하도록 한 경우에는 감면규정이 적용되지 않는 것으로 판결하였다.
이 사건은 지식산업센터를 신축하여 취득한 자가 임대업자에게 이를 분양하고, 임대업자는 이를 다시 사업시설용으로 사용하려는 자에게 임대한 사실관계에 대한 것이다. 취득자는 임대업자와의 분양계약에서 목적물을 세법의 감면 요건에 맞게 사업시설용으로만 분양하거나 임대할 수 있도록 하였다. 따라서 임대업자를 통하여 사업시설용으로 사용하려는 자에게 임대한 경우에도 세법상 감면 요건을 충족하는 것으로 보았다.
하급심은 납세자와 같은 입장을 취하였다. 하급심이 판단의 근거로 내세운 것은 다음과 같다. 당해 규정이 이 사건에서와 같은 방식으로 임대사업자를 통하여 간접적으로 분양·임대하는 경우에는 취득세 경감 대상에서 배제하려는 것으로 보기 어렵고, 임대사업자는 이 사건 각 호실을 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률상의 사업시설용도로만 임대할 수 있었고, 임대사업자가 위 용도 이외의 용도로 임대할 경우 원고는 분양계약을 해제하고 그에 따른 손해배상을 청구할 수 있다. 따라서 납세자의 지식산업센터 시설의 분양은 '사업시설용과 다른 용도로 분양·임대한 경우'에 해당하지 아니한다고 보았다.
그러나 대법원에서는 이러한 하급심의 판단을 뒤집었다. 대법원은 임대사업자들이 납세자에게 이 사건 각 호실을 사업시설용으로 사용할 자에게 임대하여야 한다는 계약상의 채무를 부담하고 있다는 사정만으로는 신축자인 납세자가 이를 사업시설용으로 직접 사용할 자에게 분양하거나 임대한 것과 마찬가지라고 볼 수는 없다고 판단하였다. 따라서 사업시설용과 다른 용도로 분양·임대한 경우에 해당하므로 취득세 감면분을 추징하는 처분이 적법하다고 보았다.
특히 이 사안에서 임대업자는 분양받은 시설을 사업시설용으로만 임대하여 결과적으로 해당 시설은 세법에서 정한 용도에 맞게 사용되었다. 또한 납세자는 임대사업자가 세법에서 정한 용도 이외의 용도로 임대하면 분양계약을 해제하고 그에 따른 손해배상을 청구할 수 있었다. 이러한 점에 비추어 보면 납세자가 세법에서 정한 용도에 맞게 직접 분양하거나 임대한 것과 실질에 있어 별반 차이가 없다. 오히려 원심의 판결에 수긍이 간다. 추징규정 요건을 넓게 해석한 대법원 판결은 감면규정의 본래 취지에 배치되지 않느냐 하는 아쉬움이 남는다. 대법원2017.9.7.선고 2017두41740 판결
