애초 제5차 십자군에 참가하기로 되어있던 독일 프리드리히 2세가 십자군 출정을 약속한지 10년 만에 4만명의 병사를 이끌고 전쟁에 나서면서 제6차 십자군(1228-1229)이 시작됐다.
프리드리히 2세는 나폴리 시칠리아 왕국의 공주였던 어머니를 두었는데 아들 하인리히를 독일제국의 공동통치자로 임명하고, 자신은 로마 남쪽 이탈리아 남부와 시칠리아 섬에 있던 시칠리아 왕국을 재건하면서 십자군 출진을 지연시켰다는 이유로 교황으로부터 파문을 받은 뒤 십자군 출정을 하게 되었다.
이 기간 중 카스피해 동쪽 이슬람 국가인 호라이즘이 몽고족의 침략으로 멸망했다.
이슬람 세력도 혼란한 정세와 내분 때문에 전쟁을 계속할 형편이 아니었기 때문에 타협을 원했으므로 제6차 십자군은 이슬람 아이유브 왕조의 술탄 알 카밀(살라딘의 조카)과 협상을 통해 예루살렘을 수복하고 십자군 원정을 끝냈다.
하지만 예루살렘은 강화 조약 만료와 함께 이슬람 군에게 다시 빼앗겼다.
제7차 십자군(1248-1254)은 프랑스 루이 9세가 충분한 준비를 했고 교황 이노센트 4세의 적극적인 지원이 있었다. 교황은 프랑스 교회에 대해 십일조를 과세할 수 있도록 프랑스 왕에게 허락했다. 이를 근거로 루이 9세는 특별세를 징수했다.
특별세 과세대상은 교회와 일반 국민들이었다. 십자군 전쟁 때문에 행정을 체계화할 필요가 있어서 많은 수의 법률가들이 궁정에 들어갔고 왕실 재정을 책임진 궁내부, 왕의 의사결정을 돕는 참사회, 재판을 담당하는 고등법원이 조직되었고 세금을 책임질 회계원이 설립되었다.
루이 9세는 십자군 약 3000명을 이끌고 제5차 십자군처럼 이집트 다미에타를 공격했으나 끝내 실패하고 곤경에 빠진 십자군을 안전하게 귀국시키는 대신 자신이 이슬람의 포로가 되었다.
프랑스는 루이 9세의 보석금으로 40만 베란트를 지급하고 풀려난 그는 프랑스로 귀국했다. 루이 9세는 1270년 다시 십자군을 조직한 뒤 이집트 튀니지로 진격했으나 그곳에서 병으로 사망, 루이 9세가 이끈 십자군은 마지막 십자군이 됐다.
십자군 전쟁은 총 7차례 1095년부터 1254년까지 약 159년간 진행됐다.
유럽의 기독교 세력은 이슬람이 지배하는 예루살렘 수복을 위해 싸웠다. 십자군 주력부대는 프랑스, 독일, 영국 세 나라였다. 십자군 동원에는 전쟁자금 조달이 필수적이었으므로 십자군 전쟁 때문에 유럽 세제에 큰 변화가 찾아왔다.
반면 이슬람 세력들은 십자군의 침략에 대해 방어적인 전투를 주로 했지만 이들 역시 전쟁수행을 위한 체제정비와 세금제도 변경은 불가피했다. 십자군 전쟁 이전의 세금제도는 주로 국내 통치 및 국가 간 전쟁을 수행하기 위한 세금제도였으나 아시아 원정을 위한 십자군 전쟁은 국제전이었으므로 큰 폭의 세금제도 개편이 필요했다.
한편 십자군전쟁은 교황이 교권을 최고도로 높인 계기가 되었고 전체 유럽을 교황의 지배하게 둘 수 있게 되었는데 각국 왕에 압력을 넣어 십자군에 참가하도록 약속을 받았다. 교황은 각국 왕이 십자군에 참가 약속을 지키지 않을 경우 파문하겠다고 위협하기도 했다.
아울러 십자군을 수송하기 위해 지중해상 해운업이 급속하게 발전한 계기가 되었다.
이 때문에 베네치아를 비롯한 이탈리아 상인들이 해운업을 통해 부를 축적하게 되었다. 십자군 전쟁 과정에서 많이 배출된 해운기술자들이 나중에 포르투갈과 스페인으로 이주하면서 이 두 나라가 해양시대의 주역으로 나서게 됐고, 서양과 동양 문명의 역전이 이뤄지게 되었다.
