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[세제개편안]

日경제보복에 놀란 정부…'반도체·바이오' 대규모 세제지원

조세일보 / 이현재 기자 | 2019.07.25 14:01

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◆…반도체, 바이오·헬스 등 혁신성장 분야의 연구개발(R&D) 활동이 내년부터 '신성장동력·원천기술 R&D 비용 세액공제' 대상에 포함돼 기존 R&D세액공제 보다 더 높은 공제율을 적용 받게 된다. 세액공제 이월기간도 5년에서 10년으로 늘어난다. (사진 클립아트코리아)

일본의 반도체 핵심 소재 수출 규제 등으로 국내 자체 반도체 생산 기술에 대한 관심이 높아지고 있는 가운데 시스템 반도체, 바이오·헬스 등 혁신성장 분야의 연구개발(R&D) 활동이 내년부터 '신성장동력·원천기술 R&D 비용 세액공제' 대상에 포함된다.

신성장동력·원천기술 R&D 비용 세액공제 이월기간은 5년에서 10년으로 늘어나며, 국내기관에 위탁한 금액 뿐아니라 국외법인에 위탁한 금액도 세액공제를 받을 수 있게 된다.

일본의 경제보복의 충격파를 완화하기 위해 부랴부랴 꺼내든 파격적인 세제혜택이다. 조금 더 일찍, 일본 경제보복과 상관 없이 했었더라면 하는 아쉬움이 남는 대목. 

25일 기획재정부는 이 같은 내용의 '2019년 세법개정안'을 발표했다.

다 같은 'R&D 세액공제'가 아니다

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◆…(자료 기획재정부)

신성장동력·원천기술 R&D 비용 세액공제율은 대기업 20%~30%, 중견기업 20%~40%, 중소기업 30%~40%로 세액공제 중 최고 수준이다. 일반 R&D 비용 세액공제율은 대기업 0~2%, 중견기업 8~15%, 중소기업 25%에 불과하다.  

신성장동력·원천기술로 인정만 되면 많게는 10배가 넘는 세금을 아낄 수 있게 되는 것이다.

현행법은 11대 산업, 37개 분야, 173개 기술에 대해서만 신성장동력·원천기술 R&D 비용 세액공제를 인정하고 있는데, 이번 개정안은 시스템 반도체 설계·제조기술과 바이오베터 임상시험 기술을 공제 대상에 포함시키기로 했다.

구체적인 기술범위는 차후 시행령으로 세세하게 규정할 예정이다.

이와 함께 신성장동력·원천기술 R&D 비용의 이월공제기간도 5년에서 10년으로 확대된다. 세액공제 이월공제 대상은 납부세액이 없거나 최저한세가 적용되어 공제받지 못한 공제세액이다.
 
이월공제기간은 일반적으로 5년으로 묶이지만 창업초기 중소기업(설립일로부터 5년 이내)의 경우 중소기업 투자세액공제는 7년, 연구·인력개발비 세액공제는 10년 등 경우에 따라 이월공제 기간으로 길게 두고 있다.

기획재정부는 이번 세법개정을 통해 신성장동력·원천기술 R&D 비용 세액공제의 이월공제기간도 10년으로 확대할 방침이다.

정부는 고위험·고비용 신기술 R&D의 위험부담을 분담하려는 취지를 감안해 신성장동력·원천기술 R&D비용에 한정 세액공제 이월기간 확대하는 것이라며 신기술·혁신분야에 대한 투자로서 수익창출까지 장기간이 소요될 가능성이 높은 점을 감안했다고 밝혔다.

예를 들어 신약개발의 경우 10~15년 이상 소요되는데, 이월공제 기간이 짧으면 실효성이 없는 제도가 되어 버린다는 설명이다.

내국법인이 지배하는 국외법인까지 R&D세액공제 'OK'

이와 함께 신성장·원천기술 R&D 비용 세액공제 대상이 해외 위탁기관까지 확대된다.

현행법은 신성장·원천기술 R&D 비용 세액공제는 위탁·공동연구비의 경우 신성장·원천기술의 국내 개발 촉진 및 기술 확보를 위해 국내기관에 위탁한 금액만 공제 대상으로 인정하고 있다.

다만, 신약의 임상시험(1상·2상·3상)은 현실적으로 국외기업과의 공동연구 등을 진행할 수 밖에 없는 상황임을 감안해 예외적으로 국외기관에 위탁한 경우도 적용 중인데, 정부는 신성장·원천기술 분야도 국내 연구 역량이 확보되지 않은 경우 국외기관 등과의 위탁·공동연구가 필요한 측면이 있다고 설명했다.

개정안이 국회를 통과하면 내국법인이 직간접적으로 지배하고 있는 외국법인도 신성장동력·원천기술 R&D 비용 세액공제 대상 위탁기관에 포함된다.

기획재정부는 "내국법인이 지배하는 국외법인(연구소)의 연구역량은 궁극적으로 내국법인에 귀속되므로 신성장·원천기술의 국외 유출 우려가 크지 않아, 적용 확대에 따른 부작용을 일부 방지할 수 있는 점도 감안했다"고 전했다.

위탁·공동연구비에 대한 세액공제 범위도 확대된다.

현행법은 과학기술 및 산업디자인 분야에 한해 위탁·공동연구비에 대해 R&D 비용 세액공제를 적용 중이며, 서비스 R&D는 자체 개발 비용에 한해 세액공제가 적용되고 있다.

하지만 과학기술과 서비스 분야가 결합되어 있는 위탁·공동연구비의 경우 현행 규정상 세액공제 적용 여부가 불분명하다는 지적이 있어 왔다.

이에 정부는 서비스 R&D 중 과학기술과 결합되어 있는 경우에 한해 위탁·공동연구비를 R&D비용 세액공제 적용대상에 포함시켜 서비스 R&D에 대한 지원을 확대하려는 것이라고 세법개정 취지를 밝혔다.

한편 이번 세법개정안에는 기업부설연구소 또는 연구인력 전담부서가 R&D 세액공제 비용으로 인정 취소된 경우 인정취소일이 속하는 과세연도부터 공제를 배제한다는 내용이 담겼다. 연구소 등 인정 취소 시 R&D 비용 세액공제가 배제됨을 법조문에 명확화한 것이다.


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