수입물품의 과세가격에 대하여 경정청구에 따른 심사를 거쳐 감액경정이 인용되고, 추후 이에 관하여 관세조사를 거쳐 다시 증액경정이 이루어진 사안에서, 감액경정에 따라 수입신고를 하여 온 납세자에게 수정수입세금계산서 발급과 관련하여 구 부가가치세법 에서 말하는 귀책사유가 있다고 볼 수 없다는 판결이 나왔다.
대법원은 "증액경정의 대상이 된 원고의 수입신고는 실지조사권을 가진 세관장이 심사한 후 인용한 당초 감액경정에 따른 것이므로, 그후 증액경정이 있었더라도 구 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 다목에서 말하는 귀책사유가 있다고 볼 수 없다"라고 판결하였다.
물품을 수입하는 자는 세관장에게 부가가치세를 납부하고, 세관장으로부터 세금계산서를 교부받는다. 이렇게 수입하는 과정에서 납부한 부가가치세는 수입자의 매입세액으로 납부할 부가가치세액에서 공제된다.
만약 수입자가 신고한 관세의 과세가격이 달라져 과세표준이 달라지게 되면 이를 바로 잡는 신고를 한다. 이러한 수정신고의 경우에도 수입가액이 달라지므로 세관장이 이를 반영하여 수정수입세금계산서를 발급한다. 수입자는 이렇게 발급된 수정수입세금계산서를 기초로 부가가치세 사무처리를 하면 된다.
몇 년 전 세법이 개정되어 특정한 경우에는 세관장이 수정수입세금계산서를 발급할 수 없도록 하고 있다. 여기에 해당하는 것이 과세당국이 수입재화에 대한 부가가치세 과세표준 또는 세액을 결정·경정하거나, 수입자가 관세조사 등이 있어 과세표준 또는 세액을 결정·경정할 것을 미리 알고 수정신고하는 경우이다.
납세자가 수입가격을 제대로 신고하도록 하고, 제대로 신고하지 않은 경우 수정수입세금계산서를 발급하지 않도록 하여 제재를 가하겠다는 취지의 개정이었다.
관세의 과세표준이 올라가면 부가가치세 과세표준도 같이 올라간다. 따라서 관세가 추징되면 대체로 부가가치세도 같이 추징된다. 이렇게 부가가치세가 추징되는데도 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하지 않으면, 납세자는 세금계산서가 없어 납부한 부가가치세를 매입세액으로 공제받지 못하게 된다.
그러나 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우에는 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하여야 한다.
이 사건에서 납세자는 과거에 물품대가와 지급한 로열티를 합하여 수입가격으로 신고하였다. 그 후 로열티는 수입가격에 해당하지 않는다는 이유로 납부한 관세의 환급을 청구하였고, 과세당국이 이를 받아들였다.
그러나 과세당국은 로열티가 수입가격에 포함된다는 이유로 수입가격을 높여 관세와 부가가치세를 추징하였다. 또한 여기에 대해 세관장은 수정수입세금계산서를 발급하지 않았다.
이에 납세자는 세관장에게 수정수입세금계산서의 발급을 청구하였고, 세관장은 이를 거부하였다.
과세관청은 납세자에게 귀책사유가 있다는 이유를 들고 있다.
먼저, 최초 관세의 환급을 구할 때 사실과 다르게 설명하여 로열티가 과세가격에서 포함되지 않도록 하였다. 또 이 때 일부 자료를 누락하여 제출함으로써 과세당국을 착오에 빠트렸다. 그리고 납세자가 과세가격에 로열티가 가산되어야 한다는 점을 알았거나 알 수 있었다. 이러한 사항으로 볼 때 납세자에게 귀책사유가 없는 것으로 보기는 어렵다고 판단한 것이다.
그러나 대법원은 이와 다르게 판단하였다. 이러한 판단의 근거는 다음과 같다.
관세 환급을 구할 때 제출한 자료로도 로열티가 과세가격에 포함된다는 것을 확인할 수 있었다. 또한, 납세자가 사실과 다른 내용을 명시적으로 주장한 사실이 없다. 마지막으로 과세가격에 로열티를 가산하기 위한 요건이 충족되었는지 여부에 대하여 법리상 다툴 수 있는 여지가 있으므로 납세자의 설명을 사실과 다른 주장이나 귀책사유로 볼 수 없다.
가산세를 면제받기 위한 정당한 사유 판단과 함께, 수정수입세금계산서 발급과 관련하여 납세자에게 귀책사유가 있는지 여부는 빈번하게 분쟁의 대상이 된다.
특히 로열티가 과세가격에 가산될 수 있는 요건의 충족 여부를 판단하기 위한 과세관청의 증명책임 정도, 납세자의 과세자료 제출의무 범위 역시 과세당국과 납세자 모두에게 어려운 문제이다.
대상판결은 위 쟁점들에 대하여 참고할 수 있는 선례가 된다는 점에서 의미가 있다.
그리고 납세자의 잘못이 있으면 관세법상 과태료나 가산세 부과 등으로 성실신고를 유도할 수 있는데, 납세자가 입증하여야 그 부담을 벗을 수 있는 수정수입세금계산서 발급제한으로 납세자에게 과도한 부담을 주는 것이 맞는지 의문이다. 대법원 2020. 12. 24. 선고 2019두44378 판결
