1. 부가가치세법시행령 제61조의 2 규정에 의한 공통매입세액 정산 대상
부가가치세법시행령 제61조의 2에서 '사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분·계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다'라고 하여 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 정산하도록 규정하고 있습니다.
부가가치세법시행령 제61조 제4항의 규정에 따라 예정사용면적 또는 예정공급가액 등의 비율로 공통매입세액을 안분·계산한 경우에는 모두 정산의 대상이 되는 것이 아니라 당해 전체 과세기간 중 과세 및 면세사업의 공급가액이 모두 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없어 부가가치세법시행령 제61조 제4항의 규정에 의하여 예정사용면적 또는 예정공급가액 등의 비율로 예정신고와 확정신고를 한 때에 한하여 당해 공통매입세액의 정산규정을 적용해야 합니다.
반면에 예정신고 기간에는 과세 및 면세사업의 공급가액이 발생되지 아니하여 예정사용면적 또는 예정공급가액 등의 비율로 안분·계산하였으나, 과세기간 최종3월 기간 중 과세 및 면세사업의 공급가액이 발생되어 당해 과세기간의 공급가액 비율로 확정신고한 경우에는 예정사용면적 등의 비율에 의하여 안분·계산하였던 예정신고기간분에 대해서는 공통매입세액의 정산 대상에 해당되지 않습니다.
2. 부가가치세법시행령 제61조의 2 규정에 의한 공통매입세액 정산 시기
공통매입세액의 정산 시기와 관련하여 과세·면세사업의 공급가액이 계속적으로 여러 과세기간에 걸쳐 발생되어 그 비율이 변동되는 경우의 '총 공급가액'은 공급가액이 발생된 전체과세기간의 공급가액 합계액을 말하는 것으로 건물의 분양이 완료된 과세기간에 총공통매입세액에 대하여 전체과세기간의 총공급가액과 총면세공급가액의 비율에 의하여 정산하는 것이 타당할 것(같은 뜻: 재부가-529, 2010.07.30.)입니다.
가령 과세 및 면세사업의 공급가액 중 어느 한 사업의 공급가액만 확정된 경우 그 나머지 사업의 공급가액에 대해서는 예정공급가액을 적용할 수 밖에 없게 되므로 부가가치세법시행령 제61조의 2 정산 규정을 적용할 수 없어 당해 과세 및 면세사업의 공급가액이 최종적으로 확정됨으로써 예정공급가액을 적용할 여지가 없는 경우에 한하여 당해 최종적으로 확정된 공급가액 비율로 안분 정산하는 것이 타당할 것이며, 사용면적의 경우에도 동일하게 최종적으로 확정된 사용면적 비율로 안분 정산해야 할 것입니다.
다만, 신축주택 및 상가 등을 판매할 목적의 분양사업에 있어 당해 과세 및 면세사업의 공급가액이 최종적으로 확정되기 위해서는 당해 완성주택 및 상가가 모두 분양 완료되어야 하지만, 만약 일부 주택 및 상가의 미분양으로 인해 장기간에 걸쳐 주택 및 상가의 분양이 완료되지 않는다면 과세 및 면세사업의 공급가액이 확정될 때까지 정산 대상 공통매입세액을 사후 관리해야 하는 실무상 어려움이 있게 되므로 이에 대한 보완규정도 마련하는 것이 필요할 것입니다.
3. 공사완공 및 주택 등의 분양이후 발생하는 하자보수 관련 매입세액
건축 공사 완공 및 주택 등의 분양 이후 하자보수 보증기간 내에 발생하게 된 하자보수비와 관련된 공통매입세액의 안분계산은 당초 건물의 신축·공급과 관련하여 최종 확정된 면·과세 안분계산방법을 그대로 적용하여 계산하는 것입니다.(같은 뜻 : 재부가-28, 2008.01.21.)
김희만 세무사 : 다함세무법인 대표세무사(현), 국세청(1986~2000), 서울지방국세청 조사1국, 서울청 산하 세무서 법인세과 근무, 남대문세무서 과세전적부심사 위원회 및 이의신청심사위원회 위원, 서울지방국세청 과세품질혁신위원회 위원
