정부에서는 중소기업의 경영안정을 지원하기 위한 제도 몇가지를 두고 있는데 그 중 대표적인 것이 중소기업에 대한 특별세액감면 제도이다. 중소기업에 대한 특별세액감면은 조세특례제한법 제7조에 열거되어 있는 업종을 영위하는 업체에 한하여 적용한다.
중소기업기본법 시행령 별표 3에 따른 평균매출액 기준 이내의 소기업 중 도∙소매업, 의료업을 영위하는 기업은 10%의 세액감면을 적용 받고 그 외 업종은 수도권(서울특별시와 인천광역시 및 경기도) 내에 소재하면 20%의 세액감면을 적용 받고 수도권 외에 소재하면 30%의 세액감면을 적용 받는다.
중소기업기본법 시행령 별표 3에 따른 평균매출액 기준을 벗어나는 중소기업 중 수도권 내에 소재하는 도∙소매업, 의료업을 영위하는 기업은 감면이 배제되고 수도권 외에 소재하는 기업만 5% 세액감면이 적용된다. 도∙소매업, 의료업 이외의 업종 중 수도권 내에 소재하는 지식기반산업(엔지니어링사업, 전기통신업, 연구개발업, 컴퓨터 프로그래밍업, 시스템 통합 및 관리업 등)만 10%의 세액감면이 적용되고 수도권 외에 소재하며 도∙소매업, 의료업 이외의 업종을 영위하는 기업은 15%의 세액감면을 적용 받는다. 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보며 수도권에 있는 본점 등이 수도권 외로 이전하는 경우에는 이전하는 사업연도부터 수도권 외의 법인으로 본다.
중소기업의 투자촉진을 지원하기 위해 중소기업 투자세액공제와 고용창출 투자세액공제라는 제도 두고 있는데 중소기업 투자세액공제는 중소기업을 경영하는 내국인이 기계장치와 같은 설비자산을 구입하는 경우 그 투자금액에 대하여 세액공제를 받을 수 있다. 지원대상은 기계장치 등 사업용 자산에 투자(중고품 및 리스에 의한 투자는 제외)한 중소기업을 경영하는 내국인이며 투자금액의 3%에 상당하는 금액을 법인세에서 세액공제 받을 수 있다.
그 다음으로 고용창출 투자세액공제는 상시근로자를 유지하는 기업이 사업용자산에 해당하는 시을 새로이 취득하여 지원대상 사업에 사용하는 경우 투자금액에 대하여 세액공제를 해주는 방식이다. 2017년 12월 31일까지 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 일정한 사업에 사용하기 위한 투자(중고품, 리스에 의한 투자, 수도권 과밀억제권역 내에 투자 제외)를 하는 경우로서 직전 과세연도보다 상시근로자 수가 감소하지 아니한 경우에 지원을 해준다.
중소기업은 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 법인세에서 기본적으로 투자금액의 3%를 공제해주고 수도권 과밀억제권역 외의 수도권에 투자하면 투자금액의 6%를 공제해주고 수도권 밖의 지역에 투자하면 투자금액의 7%를 공제해준다. 농업, 어업, 광업, 제조업, 건설업, 일반도시가스사업을 제외한 대상사업은 투자금액에 추가로 1%를 가산하여 공제해준다.
