특히 국세청은 사업의 포괄양도에 앞서 사업양도인에게 '간이과세자가 아닌 일반사업자에 해당된다'며 사업자등록증을 일반사업자로 정정해준 터라, 사업양수인이 간이과세자로 사업자등록을 신청했더라도 간이과세자로 사업자등록증을 내 줄 수는 없는 경우였다.
국세심판원은 27일 "최근 서울의 A씨와 대구의 B씨가 '국세청이 간이과세배제기준에 해당되는 사람에게 간이과세자로 사업자등록을 해주고, 뒤늦게 간이과세자에게 사업을 포괄양도했다는 이유로 세금을 부과했다'며 청구한 심판에 대한 심리결과 이같은 결정을 내렸다"고 밝혔다.
심판원은 결정문(국심2003서3432,2005.04.21, 국심2004구1559,2005.04.21)에서 "현행 부가가치세법에선 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우, 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계시킨 것으로 보지 않도록 규정하고 있다"고 강조했다.
현행 세법에선 신규로 사업을 개시하는 개인사업자는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 등록할 수 있도록 하고 있지만, 국세청 간이과세배제기준에 해당하는 경우엔 간이과세 적용을 배제하도록 규정하고 있다.
그러나 간이과세배제기준에 해당돼도 간이과세적용배제가 부적합할 땐 세무서장이 간이과세를 적용할 수 있는 여지를 남겨 놔, 세무서가 신규사업자에게 일반과세자 사업자등록증을 교부해야 간이과세자가 아닌 일반과세자임을 일반인이 알 수 있다.
사업을 양도하는 사람 입장에선 세무서 판단에 따라 간이·일반사업자 적용가능성이 모두 가능한 상황에서 사업양도 시점에선 사업장 소재지가 간이과세배제지역인 만큼 일반과세자로 사업자등록증이 나올 것을 기대할 수밖에 없는 것.
심판원에 따르면 A씨는 특히 사업장을 양도하기 전 국세청으로부터 간이과세자가 아닌 일반사업자로 사업자등록증을 정정 받은 터라, 사업양도 시점에선 사업양수인이 간이과세자로 사업자등록을 할 줄은 기대하기 어려웠다.
이에 따라 심판원은 "A씨와 B씨에게서 사업을 각각 양수한 사람들은 명백히 간이과세배제기준에 해당하는 사람들"이라며 "국세청이 과세유형에 대하여 좀더 심도있게 검토했더라면 사업양수인은 일반과세자로 분류됐어야 한다"고 꼬집었다.
심판원은 결국 "부동산의 양수자가 간이과세배제기준에 해당함에도 간이과세자로 사업자등록을 한 경우엔 사업의 포괄양도 양수로 봐 부가가치세를 과세해선 안된다"며 "국세청은 A씨와 B씨에게 부과한 부가가치세의 부과처분을 취소하라"고 결정했다.
