재정경제부는 9일 이 같은 내용을 포함한 조세특례제한법 시행령 개정안을 입법예고하고 차관회의와 국무회의를 거쳐 시행에 들어갈 예정이라고 밝혔다.
다음은 조특법 시행령 개정안 입법예고 전문이다.
□ 제안이유
각종 중소기업 지원세제의 대상이 되는 중소기업의 범위를 합리적으로 조정함으로써 조세감면제도의 실효성을 제고하고, 신규투자 촉진을 위해 임시투자세액공제제도를 2006년 12월 31일까지 1년간 연장하되 7퍼센트의 세액공제율을 적용하는 한편, 8년자경농지에 대한 감면요건과 장기주택마련저축 가입대상자 요건 등을 보완하여 비과세감면을 축소하고, 2005년 조세특례제한법 개정에 따라 신설된 창업자금 사전상속제도와 관련된 절차규정을 신설하며, 감면세액 추징세액 계산방법 등을 보완하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선보완하려는 것임
□ 주요내용
가. 자산총액 5천억원 이상인 상장 또는 등록법인의 경우 중소기업 범위에서 제외되고 있는 것과 동일하게 자산총액 5천억원 이상인 비상장법인도 중소기업 범위에서 제외함.
나. 창업일이 속하는 과세연도의 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업 규모기준을 초과한 기업 및 중소기업 졸업기준(상시종업원수 1천명 이상 자산총액 5천억원 이상 자기자본 1천억원 이상 또는 매출액 1천억원 이상)에 해당하는 기업에 대하여는 중소기업 유예기간을 적용하지 않도록 함.
다. 중소기업특별세액감면 대상 업종인 토양정화업을 토양환경보전법에 의해 환경부장관에게 토양정화업으로 등록한 자로 규정함
라. 기업어음제도개선세액공제 적용대상인 네크워크론제도와 관련하여 구매기업과 금융기관간의 발주납품 및 대출정보제공 등 절차규정을 신설함.
마. 외화표시채권 이자소득에 대한 법인세 등 면제 대상에서 내국법인의 국외사업장을 제외함.
바. 임시투자세액공제제도 적용기한을 2006년 12월 31일까지 1년 연장하고 세액공제율을 7퍼센트로 정함.
사. 창업자금 증여대상 재산범위에서 양도세 과세대상 재산을 제외하고 소비성서비스업 및 상호출자제한 기업집단내 기업 창업은 창업의 범위에서 제외하는 한편, 창업자금을 사전상속 받은 경우 증여세과세표준신고기한, 창업일이 속하는 달의 다음달 말일 및 창업일이 속하는 과세연도부터 4년 이내의 매 과세연도 과세표준 신고기한까지 창업자금특례신청서를 제출하여야 하는 등 절차규정을 마련함.
아. 사업전환 중소기업에 대한 과세특례의 적용 대상을 제조업, 연구및개발업, 부가통신업, 엔지니어링사업 등 창업중소기업 세액감면 대상 업종으로 전환하는 경우로 하고, 사업전환의 범위를 전환전사업에 직접 사용하던 사업용고정자산을 사업장 단위별로 양도하는 것으로 정함.
자. 중소기업 금융부채 상환 등에 대한 과세특례의 적용 대상이 되는 금융채무의 범위를 사업과 관련된 차입금 또는 자금조달목적으로 발행한 회사채 등으로 정하고, 장기할부조건으로 사업용부동산을 양도한 경우에는 각회 부불금 수입일부터 채무상환기간(양도일부터 3월이내)을 판정하도록 함.
차. 중소기업 주주등의 자산증여에 대한 법인세 등 과세특례의 적용 대상이 되는 주주등의 범위를 당해 중소기업의 최대주주(주주1인과 그 특수관계자의 보유주식이 가장 많은 경우의 당해 주주등)로 정함.
카. 현물출자를 통한 자회사 설립시 양도차익 과세이연의 적용 대상 자산을 당해 사업에 직접 사용하던 부동산 및 사업용고정자산에 한정하던 것을, 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 유휴자산에 대하여도 허용함.
타.자경하지 않는 자가 8년 자경농지를 상속받은 경우 상속후 3년내 양도하는 경우에만 양도소득세는 감면토록 하고 자경의 개념을 농지법의 규정과 일치시켜 농작업에 상시 종사하거나 2분의 1 이상을 자기노동력으로 경작하는 경우로 정의함.
파. 연금저축을 취급할 수 있는 금융기관에 증권회사를 추가함.
하. 세금우대 혜택이 적용되는 투자신탁의 합병시 기존의 저축이 유지되는 것으로 간주함.
거. 이자소득이 비과세되는 장기주택마련저축의 가입요건에 가입자가 1주택 소유자일 경우에는 당해 주택이 가입당시 기준시가가 3억원 이하일 것을 추가함.
너. 10년이상 장기임대주택에 투자하는 부동산 간접투자기구에 대한 이자배당소득 분리과세 적용시 투자재산의 90퍼센트이상을 장기임대주택에 투자할 것을 지원 요건으로 규정함.
더. 국민주택 리모델링 용역의 부가가치세 면제 범위를 현행 100분의 120 증축에서 100분의 130 증축까지 확대함.
러. 규모화 경영 효율화를 위해 기존조합의 일정부문을 분리하여 농업협동조합법 제112조의8에 의한 조합공동사업법인을 설립하는 경우 농협중앙회 및 조합의 경우와 같이 부가가치세가 면제되는 정부업무대행단체로 지정함.
머. 주차장운영업, 자동차견인업 및 수상오락서비스업을 정부업무대행단체의 면세사업 범위에서 제외함.
버. 고철, 폐지 등 재활용폐자원의 경우 판매가액의 100분의 80 범위내에서 영수증 등 매입에 의한 부가가치세 매입세액공제특례를 허용하고, 재정경제부령에 위임되어 있는 매입세액공제품목(폐비철금속류, 폐타이어, 폐섬유 및 폐유)을 대통령령에서 직접 규정함.
서. 경제자유구역 내 투자금액이 500만불 이상인 외국 의료기관에 대하여 법인세 등을 3년간 100%, 2년간 50% 감면함.
□ 의견제출
이 개정령안에 대하여 의견이 있는 기관단체 또는 개인은 2006년 1월 17일까지 다음 사항을 기재한 의견서(A4종)를 재정경제부장관(참조 : 조세지출예산과, 2110-2152, FAX：503-9244, e-mail：kwbyun@mofe.go.kr)에게 제출하여 주시기 바랍니다.
가. 예고사항에 대한 항목별 의견(찬반 여부와 그 사유)
나. 성명(단체의 경우에는 단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호
다. 기타 참고사항
