과세혜택을 주는 소기업의 기준이 변경된 경우, 구법의 적용에 따른 경과규정을 어떻게 해석하여야 하는 지에 대한 대법원 판례가 나왔다.
세법은 소기업에게 일정한 과세혜택을 부여하고 있다. 수도권에서 제조업을 영위하는 경우 세법은 소기업의 요건으로 고용근로자 수 100명 미만 및 매출액 100억 원 미만을 규정하고 있었다.
그러나 2016년 세법이 개정되면서 고용근로자 수의 제한 없이 매출액이 80억 원 이하인 제조업자를 소기업으로 보도록 하였다. 다만 갑자기 소기업의 기준이 변경되면 구법의 기준을 신뢰한 납세자들에게 혼란을 줄 수 있다.
이를 방지하기 위해 세법은 통상 구법과 신법의 적용관계를 구분하는 경과규정을 둔다.
통상의 경우 개정법률의 시행전에 구법에 따라 소기업에 해당하는 경우 법률의 개정에도 불구하고 일정기간 과세특례가 적용되도록 하는 경과규정을 부칙에 둔다.
그러나 이 사건 부칙의 경과규정은 통상의 경우와 달리 적용대상이 애매하게 되어 있었다. 이 사건 부칙은 '개정 규정의 시행일에 구법 기준에 따라 소기업에 해당되었던 기업'에게 일정기간동안 과세혜택을 부여하도록 규정하고 있었는데, 위 대상기업의 의미와 관련하여 납세자와 과세당국의 입장이 각각 달랐다.
이 사건 납세자의 경우 2015년 당시 구법의 소기업 요건은 충족하였으나 2016년에는 신법의 요건을 충족하지 못하는 상황이었다.
납세자는 개정법률의 시행 전에 구법의 기준을 충족한 이상 법률의 개정에 따라 갑자기 과세혜택을 부여하지 않는 것은 타당하지 않으므로 이러한 경우에는 경과규정이 적용되어야 한다고 주장하였다.
반면 과세당국은 부칙의 시행일이 속하는 사업연도인 2016년에 구법의 요건을 충족하는 경우 경과규정이 적용될 수 있으므로 납세자에게는 경과규정을 적용할 수 없다는 입장이었다.
대법원은 경과규정의 적용 대상을 "2016. 1. 1. 당시인 2016 과세연도의 경우 종전규정 아래에서는 소기업에 해당하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 있었으나 개정규정으로 인하여 더 이상 소기업에 해당하지 않아 중소기업특별세액감면을 받을 수 없게 된 기업"이라고 판시함으로써 과세당국의 입장을 취하여 논란을 정리하였다.
즉, 대법원은 '2016. 1. 1. 시행일 당시 소기업에 해당되었던 기업'의 의미를 2016년에 구법 기준에 따라 각 사업연도의 근로자 수 및 매출액 기준으로 판단하여야 한다고 정리한 것이다.
경과규정은 세법을 개정하면서 있을 수 있는 적용상의 혼란을 방지하고, 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 두는 것이다.
대상판결은 위와 같은 경과규정의 취지를 고려하여 경과규정이 적용되는 소기업의 범위를 문언에 따라 정리하였다는 점에서 의의가 있다.
경과규정은 구법의 요건을 생각하고 사업을 구상하고 투자를 한 납세자의 신뢰 보호에 중요한 역할을 한다. 따라서 이러한 부칙 규정을 입법할 때에도 세심한 주의가 필요하다. 대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결
