반도체·백신 등 'K-전략기술' R&D 세액공제 우대

기획재정부는 6일 이 같은 내용을 담은 조세특례제한법 시행령 개정안을 발표했다. 이 개정안은 입법예고(7일~20일), 국무회의를 거쳐 내달 9~15일 사이 공포될 예정이다.

시행령 개정안에 따르면, 국가전략기술 범위에 반도체·이차전지·백신 관련 세부기술 34개가 추가됐다. 반도체에서 15nm이하급 D램 및 170단 낸드플래시 메모리 기술 등 20개, 이차전지에서 고성능 리튬 이차전지 기술 등 9개, 백신에서 치료용·예방용 백신 기술 등 5개가 추가돼 이를 개발하면 세액공제 공제율을 우대받을 수 있다.

또 탄소중립 실현과 미래성장동력 확보를 위해 기존 12개 분야 235개 기술에서 13개 분야 260개 기술로 확대 개정했다. 탄소 포집·활용·저장(CCUS), 수소, 신재생에너지, 산업공정, 에너지효율·수송 등 탄소저감 기술 48개와 미래차·바이오·희소금속·자원순환 등 기술 8개가 포함됐다.

신성장·원천기술 심의위원회 기능이 확대된다. 기능 확대로 R&D비용 대상기술이 신성장·원천기술 또는 국가전략기술에 해당하는지, 기업이 투자한 시설이 신성장사업화시설 또는 국가전략사업화시설에 해당하는지, 신성장·원천기술 신규기술 도입 및 현행기술 존치여부를 심의·평가한다.

성과공유 중소기업 과세 특례 요건이 완화됐다. 개정안에서 영업이익 발생요건을 삭제해 경영성과급 지급액의 15% 세액공제, 경영성과급 수령액에 대해 50% 세액감면을 받을 수 있도록 해 중소기업의 경영성과급 지급을 유도한다.

다음은 조세특례제한법 시행령 개정안 주요 내용.

■ 지역특구 사후관리 규정 구체화 = 세액감면 적용 후 감면대상사업장을 폐업ㆍ해산하거나 해당 특구 외 지역으로 이전하는 경우 사후관리 대상으로 규정.

■ 기술혁신형 합병･인수에 대한 세액공제 적용대상 확대 = '의료기기산업법'에 따라 혁신형 의료기기기업 인증을 받은 중소기업.

■ 중소기업 결손금 소급공제 허용기간 한시 확대 규정 정비 = 중소기업의 2021년 12월 31일에 속하는 과세연도에 발생한 결손금만 소급공제 허용기간을 직전 과세연도 및 직전전 과세연도까지 허용한다.

■ 기술혁신형 중소기업 주식취득에 대한 세액공제 요건 명확화 = 기술혁신형 중소기업 인수 시 세액공제의 요건을 '1회 50% 초과 취득'에서 '동일 사업연도 내 50% 초과 취득'으로 완화.

■ 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례를 적용받는 벤처기업 명확화 = '벤처기업육성법'에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업으로 완화.

■ 벤처투자자에 대한 과세특례 관련 연구개발비 투자우수기업의범위 명확화 = 지식기반서비스업 범위 규정 폐지.

■ '자본시장과 금융투자업에 관한 법률' 개정에 따른 사모집합투자기구 관련 규정 정비 = '창업･벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구' → '창업･벤처전문 사모집합투자기구', '전문투자형 사모집합투자기구' → '일반 사모집합투자기구', '경영참여형 사모집합투자기구' → '기관전용 사모집합투자기구', '경영참여형 사모집합투자기구' → '기관전용 사모집합투자기구'로 명칭 변경.

■ 코스닥 벤처펀드 보유비율 계산방법 보완 = 펀드가 벤처기업 주식 매도 시 신주·구주 구분이 불분명한 경우에는 신주·구주 보유비율에 따라 안분.

■ 시가 이하 발행 스톡옵션 관련 규정 보완 = 시가 이하 발행 스톡옵션에 대해 스톡옵션 과세이연 특례 적용. 다만 시가 이하 발행이익은 근로소득으로 과세하되 시가 초과분은 양도소득 과세이연 선택 가능.

■ 스톡옵션 과세특례 관련 벤처기업 자회사의 범위 규정 = 벤처기업의 자회사 범위를 발생주식 총수의 30% 이상을 인수한 기업으로 규정. 또한 스톡옵션 과세특례 대상에 벤처기업의 자회사 임직원 추가.

■ 통합투자세액공제 대상에 중소·중견기업이 취득하는 지식재산 추가 = 중소·중견기업이 취득하는 지식재산, 중소‧중견기업이 내국인으로부터 취득하는 특허권·실용신안권·디자인권 추가.

■ 지식재산 거래 활성화를 위한 통합투자세액공제 대상에 중소·중견기업이 취득하는 지식재산 추가 = 중소‧중견기업이 내국인으로부터 취득하는 특허권·실용신안권·디자인권.

■ 영상콘텐츠 제작비용 세액공제 대상에 국외발생 비용 포함 = 세액공제 적용 대상에 국외발생 비용 포함. 광고ㆍ홍보비ㆍ접대비 등은 공제제외 항목.

■ 뉴딜 인프라 펀드, 공모 인프라 펀드 및 ISA의 중도해지 규정 합리화 = 중도해지 사유 보안해 과도한 감면세액 추징 방지, 개약기간 만료일 → 해지일로 개정.

■ 정규직 근로자 전환 세액공제 적용 시 상시근로자 및 특수관계인 범위 규정 = 정규직 근로자 전환 세액공제 적용요건 신설. 정규직 근로자 전환 세액공제 적용대상자 조정. 단 시행령으로 정하는 특수관계인은 공제대상에서 제외.

■ 중소기업 사회보험료 세액공제 공제기간 중 상시근로자 수 감소 시 납부세액 계산방법 규정 = 공제기간(2년) 동안 전체 상시근로자 수 또는 청년등 상시근로자 수가 감소하는 경우, 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부.

■ 전략적 제휴를 위한 주식교환 특례 대상인 기술우수중소기업 정의 신설 = 전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환 등에 대한 과세특례 대상에 '창업 후 3년 이내의 기술우수 중소기업'을 추가.

■ 본사 지방이전 세액감면 투자ㆍ고용요건 규정 = 최소 투자‧고용요건 신설. 이전본사 투자금액 10억원과 근무인원 20명 기준 규정.