3월 법인세 신고 전 필수…"R&D 세액공제 물어보세요"

2020년부터 R&D 사전심사제도 운영
심사받으면 사후관리 제외·가산세 면제
"2월 신청해야 법인세 신고때 반영 가능"

R&D 세액공제를 받기 전에 국세청으로부터 감면 적정 여부를 미리 확인받을 수 있다. 국세청은 "R&D 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자는 사전심사를 신청할 수 있다"고 25일 밝혔다. 세액공제를 잘못 적용하면서 수년간 공제받은 금액에 가산세까지 포함해 추징당하는 사례를 막기 위한 조치다.

이 세액공제는 조세 절감 효과가 크다. 국세청에 따르면 2020년 기준 R&D 세액공제 대상인 기업 수는 3만7525곳으로, 이들 기업은 2조6430억원의 공제혜택을 받았다. 이렇다보니 연구·인력 개발 활동 여부, 공제대상 비용 범위에 대해 납세자와 과세관청 간 이견도 적지 않다. 만약 세액공제가 잘못 신고됐을 땐 수년간 공제받은 세액에 더해 가산세까지 토해내야 한다. 이에 세무상 불확실성을 없애고자 사전심사 제도를 운영하고 있다는 게 국세청의 설명이다. 
R&D 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자(개인사업자)가 신청대상이 된다. 사전심사는 의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 이 과정을 거치지 않더라도 납세자의 판단에 따라 세액공제 대상으로 신고할 수 있다.

법인세(소득세) 신고 전까지 신청할 수 있고, 신고 때 R&D 세액공제 신청을 누락한 부분은 경정청구·수정신고·기한 후 신고 전까지 신청할 수 있다. 신청 경로는 홈택스나 우편, 방문 접수가 있다. 홈택스로 신청했을 땐 '신청·제출→일반세무서류 신청→민원명 찾기 '연구'→조회하기→연구·인력개발비 사전심사 신청' 이 과정을 거치면 된다.

R&D를 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청이 가능하며, 여러 가지 연구과제가 있을 땐 특정과제에 대해서만 신청하는 것도 된다. 납세자는 연구·인력개발비 사전심사 신청서, 연구개발 보고서, 연구개발비 명세서, 그 밖의 공제대상 R&D를 증명하는 서류를 제출해야 한다. 세액공제를 이미 신청한 사항, 보완 요구에 대해 보완하지 않은 사항, 정당한 사유 없이 답변·자료 제출을 거부하는 사항 등의 경우 심사 대상에서 제외될 수 있다.

국세청은 연구·인력개발 활동이 세법에서 규정한 연구·인력개발의 요건에 맞는지 지출한 비용이 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부를 검토해 통보해 준다. 심사결과에 이의가 있을 땐 1회에 한해 재심사를 청구할 수 있다. 국세청은 "가급적 2월에 미리 신청하면 심사결과를 조기에 통보받아 3월 법인세 신고에 반영할 수 있다"고 했다. 
또 2020년 1월부터 연구노트 등 작성·보관이 의무화됨에 따라 ①연구노트 작성사례와 그간 수행한 사전심사를 토대로 ②세액공제 인정·불인정 사례를 국세청 누리집에 게재했다. 신속하고 정확한 심사를 위해 산업분야별 기술심사 전문인력도 4명 증원했다.

사전심사 받으면 어떤 혜택 있나

사전심사 신청 내용에 대해선 신고내용 확인과 감면사후관리 대상에서 제외된다.

신고내용 확인은 사업자의 신고내용 중 특정 항목의 오류 또는 누락 혐의에 대해 서면으로 해명·수정신고를 안내해서 신고내용의 적정 여부를 확인하는 절차다. 사후관리는 감면요건의 일치 또는 중복공제·감면 여부나 사후 법적의무의 이행여부를 서면·현장확인 방법으로 관리하는 제도다.

만약 세무조사로 인해 심사 결과와 다르게 과세처분이 되더라도 과소신고 가산세는 없다.

국세청은 "과학기술정보통신부와 협업해서 기업의 연구소 및 전담부서 설립 단계부터 연구·인력개발비 세액공제 및 사전심사 제도를 안내하는 등 적극적인 홍보를 실시하겠다"고 했다.