감면사후관리 대상 제외, 가산세 면제 등 혜택
올해부터 홈택스 통해 보완서류 제출 가능
◆…세종시 나성동 국세청사.
30일 국세청에 따르면 R&D 사전심사 신청건수는 2020년 1547건, 2021년 2332건, 지난해 2439건으로 해마다 증가하고 있다.
사전심사는 연중 상시 신청 가능하며, 법인세 신고기한 전까지 통지받은 심사결과는 신고에 즉시 반영할 수 있다.
또한, 기업이 이미 지출한 비용뿐만 아니라 장래 지출이 확실한 비용과 일부 연구과제에 대해서도 사전심사를 신청할 수 있다.
특히 국세청은 우편·방문접수만 가능했던 보완서류를 올해부터 홈택스를 통해 제출 가능하도록 했다. 또 사전심사 진행 상태를 신청자가 조회할 수 있는 전산화면을 개발하는 등 편의성을 더욱 강화했다.
국세청은 "사전심사 제도를 통해 세무상 불확실성을 해소해 기업의 연구·인력개발 활동을 지원하고 있으니 적극 신청하시기 바란다"고 전했다.
다음은 R&D 사전심사 제도 관련 Q&A.
Q. R&D 세액공제 사전심사 제도는 무엇인가요?
A. 연구·인력개발비 세액공제는 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비로 지출한 금액에 일정 비율을 곱한 금액을 법인세(소득세)에서 공제하는 조세지원 제도입니다. 연구·인력개발비 세액공제는 기업들의 조세절감 효과가 큰 제도로써 기업의 연구·인력개발을 촉진해 기업의 성장잠재력을 확충하기 위한 목적으로 운영되고 있습니다.
사전심사 제도는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국인의 신청에 따라 세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해 주는 제도로서 2020년부터 시행하고 있습니다. 연구·인력개발비 세액공제는 연구·인력개발 활동 여부, 공제대상 비용 범위에 대해 납세자와 과세관청 간 이견이 종종 발생합니다. 세무조사 등으로 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인되는 경우 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징될 수 있습니다. 국세청은 사전심사 제도를 통해 세무상 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화해 기업의 연구·인력개발 활동을 지원하고 있습니다.
◆…(국세청 제공)
Q. 사전심사를 받으면 어떤 혜택이 있나요?
A. 신청인이 사전심사 결과에 따라 세액공제 금액을 반영해 법인세(소득세)를 신고한 경우 사전심사 신청 내용에 대해서는 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외됩니다. 또 세무조사 등으로 인해 심사 결과와 다르게 과세처분이 되더라도 과소신고가산세가 면제됩니다.
Q. 사전심사는 누가 언제 신청할 수 있나요?
A. 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자(개인사업자)가 신청할 수 있습니다. 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 경우, 법인세(소득세) 신고 전까지 사전심사를 신청할 수 있습니다. 법인세(소득세) 신고 후에는 세액공제 신고누락분에 대해 경정청구, 수정신고, 기한후신고 이전까지 사전심사를 신청할 수 있습니다.
◆…(국세청 제공)
A. 연구·인력개발을 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청 가능하며 여러 가지 연구과제가 있는 경우 특정과제에 대해서만 신청하는 것도 가능합니다. 세액공제 여부에 대한 불확실성을 조기에 해소하기 위해 지난해 7월부터는 비용이 확정되지 않더라도 연구개발 활동여부(기술검토)만도 신청할 수 있도록 개선했습니다. 다만, 세액공제를 이미 신청한 사항, 보완 요구에 대해 보완하지 아니한 사항, 정당한 사유 없이 답변이나 자료 제출을 거부하는 등의 경우 심사에서 제외될 수 있습니다.
Q. 사전심사 신청 시 어떤 서류를 제출해야 하나요?
A. 연구·인력개발비 사전심사 신청서, 연구개발 보고서, 연구개발비 명세서, 그 밖의 공제대상 연구․인력개발비임을 증명하는 서류를 제출해야 합니다.
A. 홈택스, 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실, 지방청 법인세과)를 통해 신청(재신청) 할 수 있습니다. 홈택스 신청의 경우 공인인증서를 통해 로그인 해야 신청 가능합니다. 국세청 심사과정에서 서류보완을 요청받는 경우, 동일한 홈택스 화면을 통해 보완서류를 제출할 수 있습니다.
Q. 국세청은 어떤 내용을 심사하나요?
A. 국세청은 사전심사를 신청한 연구·인력개발비에 대해 기술과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토합니다. 신청인이 수행한 연구개발 활동이 조세특례제한법 제2조 제1항의 연구개발에 해당하는지 여부, 신청인이 연구·인력개발에 지출한 금액이 조세특례제한법 제10조에서 정한 공제 대상 금액인지 여부를 검토합니다.
A. 기술검토는 본청 공익중소법인지원팀에서, 비용심사는 기업규모별로 구분하여 중소기업은 각 지방국세청 법인세과 전담팀에서, 중견기업과 일반기업은 본청 공익중소법인지원팀에서 심사를 담당합니다.
신청인의 편의를 위해 비대면 방식으로 하는 서면심사를 원칙으로 합니다. 국세청 심사는 ① 서류확인(보완요청) ② 서면심사(기술·비용검토) ③ 현장확인(필요시) ④ 검토보고서 작성 ⑤ 결과통지 순으로 진행됩니다. 제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우에는 보완을 요구하거나 현장확인이 진행될 수 있습니다. 심사담당자는 진행과정에서 신청인에게 사전심사의 주요 검토사항 및 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고, 연구․인력개발비 세액공제에 대한 세무컨설팅을 제공합니다. 국세청의 심사결과에 이의가 있는 경우 1회에 한해 재심사를 요청할 수 있습니다.
Q. 올해 사전심사에서 개선된 내용은 무엇인가요?
A. 기존에 우편·방문접수만 가능했던 보완서류를 홈택스에서도 제출 가능하게 개선하고, 신청 후 사전심사 진행 상황을 직접 확인할 수 있도록 전산 조회화면을 개발하는 등 편의성을 더욱 강화했습니다.
우선 신청인이 심사과정에서 언제든 연구활동에 대한 증빙자료를 추가로 제출할 수 있도록 홈택스 시스템을 개선했습니다. 아울러 그동안 사전심사 담당자와 진행상황을 파악할 수 없다는 신청인애로사항을 반영해 홈택스에 5단계로 세분화된 진행상황 조회화면을 개발했습니다.
또 홈택스 신청화면에서 제공하는 간이계산기를 통해 연구활동을 하는 기업은 관련 지출에 대한 연구·인력개발 세액공제 가능한 금액을 간편하게 계산해 볼 수 있습니다. 이외에 신청기업이 연구활동 입증자료 준비에 어려움이 없도록 자체 수집이 가능한 연구소 인정서 등을 제출서류에서 제외했습니다. 신청기업이 안심하고 증빙서류를 제출할 수 있도록 열람권한을 심사담당자로 제한하는 등 보안을 강화해 제출자료를 철저히 관리할 예정입니다.
A. 국세청은 사전심사 전문성 강화 등을 통해 제도를 내실있게 운영해 연구·인력개발 세액공제 신고에 대한 불확실성을 해소하고, 기업의 성실신고를 지원하도록 하겠습니다. 이를 위해 기존에 지방청에서 실시했던 중소기업에 대한 기술심사를 본청의 각 분야별 기술심사관이 담당함으로써, 일관성 있고 전문적인 심사서비스를 제공할 예정입니다.
또한 더욱 많은 기업들이 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 이용할 수 있도록 사전심사 가이드라인 및 신청안내 리플릿을 배포하는 등 적극적인 홍보활동을 실시하겠습니다. 중소기업중앙회, 대한상공회의소 등 유관기관과 세무대리인을 대상으로 간담회도 개최해 의견을 수렴하고, 제도 개선에 관한 건의사항을 적극 반영하겠습니다.
