그동안 국세청은 비영리기관인 정부출연(연)이 수행하는 국가연구개발사업에 대하여 `98년 12월 개정된 법인세법 시행령에 따라 과세입장을 유지해왔다.
과기부는 이를 해결하기 위해 정부출연(연)이 수행하는 국가연구개발사업에 대해서는 종전과 같이 법인세를 비과세할 것을 재정경제부, 국세청과 2001년 10월부터 협의해 왔으며, 그 결과 재정경제부는 최근 국가연구개발사업을 법인세 비과세 대상으로 최종 확정했다.
이에 따라 정부출연(연)은 2001년 기준으로 약 257억원 정도(추정치)의 법인세 부담과 계산서 발부에 따른 행정부담을 덜게 됨으로써 기관운영의 효율성을 제고할 수 있게 되었다.
Ⅰ. 정부출연연구기관이 수행하는 국가연구개발사업에 대한 법인세 면제 방침 확정(2002. 7)
1. 배 경
□ 법인세법 시행령 제2조 제1항 2호 개정(1998. 12. 31)
○ 수익사업 범주에 포함되지 않는 사업(비과세 대상)의 내용 변경
서비스업중 연구 및 연구개발업(상업적 연구개발업 제외)
⇒
서비스업중 연구 및 연구개발업(계약등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업 제외)
⇒ 과세대상사업의 범위를 「상업적 연구개발업」에서 「계약등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업」으로 확대
□ 개정된 법인세법 시행령의 시행(2000. 1. 1)
○ 이에 따라 관할 세무서에서는 원자력연구소, KAIST에게 정부출연(연)이 수행하는 국가연구개발사업을 법인세 납부대상인 수익사업으로 신고할 것을 통보
※ 세무당국에서는 정부출연(연)이 국가연구개발사업을 협약에 의해 수주한 경우에도 법인세법상 수익사업 범주에 포함되는 것으로 법령을 해석
〈 세무당국 해석에 대한 검토 의견
- 정부출연(연)의 국가연구개발사업 수행은 기본적으로 민간기업처럼 영리를 목적으로 하는 것이 아니므로 과세되상이 되는 것은 타당하지 않음
※ 정부출연(연)은 이익이 발생하더라도 민간기업처럼 주주에게 배분하지 않고 연구개발에 재투자. 또한, 이익이 회계처리 장부상의 비현금성인 경우가 대부분으로 이익이 발생하여도 실제로 현금이 없어 세금을 납부하기 위해서는 정부의 지원이 필요
- 국가연구개발사업에 대하여 법인세를 납부하는 경우 실질적인 연구개발예산 감소효과 유발
- 모든 국가연구개발과제에 대해 계산서를 발급해야 하는 행정부담 발생
2. 추진경위
□ 법인세법 시행령 개정 요청(2001. 10)
○ 정부출연(연)이 수행하는 국가연구개발사업을 과세대상에서 제외시켜 주도록 법인세법 시행령 개정을 재정경제부에 요청
□ 과학기술부 차관 주재 관계부처 국장 회의(2001. 11)
○ 정부출연(연)의 법인세 부담을 완화하기 위한 방안 마련을 위해 재정경제부, 국무조정실, 과학기술부 담당 국장 협의
⇒ 법인세법 예규를 정하여 정부출연(연)이 수행하는 국가연구개발사업을 비과세대상으로 하기로 실무합의
□ 법인세법 시행령상의 과세범위 확인 요청(2001. 12)
○ 재정경제부와 국세청에 법인세법 시행령에서 정하는 비과세대상사업의 범위에 정부출연(연)이 수행하는 국가연구개발사업을 포함하도록 요청
※ 국세청은 정부출연(연)의 국가연구개발사업이 수익사업에 해당하여 과세대상이라고 회신(2002. 3)
□ 재정경제부에 과세범위 확인 재 요청(2002. 4)
○ 재정경제부 → 정부출연(연)이 수행하는 국가연구개발사업을 법인세 비과세 대상으로 최종 확정(2002. 7. 2)
3. 기대효과
□ 경제적 효과
○ 2001년도 기준으로 법인세 감면효과가 약 257억원 정도가 발생할 것으로 추정
- 2000년도 기준으로 KIST가 수탁한 571억원의 연구개발사업에 대해 약 14억원의 법인세 납부의무가 발생할 것으로 추산(과학기술계 3개 연구회에서 추정)
- 2001년도에 과학기술부와 과학기술계 3개 연구회 산하 정부출연(연)이 국가로부터 수탁한 연구개발사업규모가 약 1조 500억원
□ 행정부담 감소효과
○ 정부수탁과제에 대하여 세금계산서를 발급하지 않음으로 행정부담 경감
Ⅱ. 연구개발용품 관세감면 대상 확대
