이와 함께 재화공급자가 세금계산서를 발급하지 않은 경우 공급받은 이가 관할 세무서장의 확인을 거쳐 매입자발행세금계산서를 발행해 매입세액공제를 받을 수 있게 된다.
재정경제부는 이 같은 내용을 담은 조세특례제한법 개정안을 재경부 홈페이지(www.mofe.go.kr)등을 통해 오는 9월13일까지 입법예고하고 의견수렴을 거쳐 국회에 제출할 계획이다.
다음은 조세특례제한법 개정안 입법예고 전문.
조세특례제한법중 개정법률(안) 입법예고
1. 개정이유
경기활력 회복과 성장잠재력 확충을 위하여 설비투자와 연구개발 관련 조세지원제도의 일몰을 연장하고, 중산·서민층 생활안정을 지원하기 위하여 무주택 근로자를 위한 주택보조금의 과세특례제도 등의 조세지원제도의 일몰을 연장하며, 현행 사회안전망의 보호가 취약한 차상위계층의 근로를 장려하고 소득을 지원하기 위하여 조세체계를 이용한 근로연계형 지원제도인 근로장려세제를 도입하는 한편 조세중립성 제고를 위하여 2006년에 일몰이 도래하는 감면제도를 중심으로 감면목적이 달성되었거나 여건변화에 따라 지원의 타당성이 낮아진 제도, 외국의 사례가 없거나 국제기준에 부합되지 않는 제도 등의 비과세·감면제도를 축소·폐지하였으며, 공평과세 실현을 위한 세원투명성을 제고하기 위하여 직불카드에 대한 소득공제율을 상향조정하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것임.
2. 주요내용
가. 중소기업투자세액공제 일몰기한을 3년간 연장하여 중소기업이 2009년 12월 31일까지 사업용자산 등에 투자하는 경우 투자금액의 3%를 세액공제할 수 있도록 함
나. 창업중소기업 등에 대한 세액감면제도 일몰기한을 2009년 12월 31일까지 3년 연장함
다. 대기업이 보유 중인 설비를 중소기업에게 무상양도할 경우 대기업은 설비의 장부가액 상당액을 손금에 산입하고, 중소기업은 이를 익금에 불산입하는 중소기업지원설비에 대한 손금산입 특례제도를 신설함
라. 연구 및 인력개발준비금 손금산입 제도를 일몰기한(2006년 12월 31일)이 도래함에 따라 폐지함
마. 연구 및 인력개발비 세액공제 일몰기한을 2009년 12월 31일까지 3년간 연장하고, 대기업이 중소기업·대학 등에게 지급하는 외부위탁 연구 및 인력개발비에 대한 공제율을 50%로 상향조정함.
바. 기술개발을 위한 정부출연금을 수령하여 구분경리하는 경우, 수령시점에서 정부출연금상당액을 익금불산입하고, 익금불산입한 금액은 추후 당해 정부출연금을 지출하는 때에 익금산입하여 지출된 손비와 상계처리하는 특례제도를 신설함
사. 대덕연구개발특구내 입주하는 연구소기업 및 첨단기술기업에 대해 소득발생 후 3년간 100%, 2년간 50% 소득·법인세를 감면하도록 하는 대덕연구개발특구 입주기업에 대한 세액감면제도를 신설함
아. 한국벤처투자조합이 출자한 자(子)조합을 통하여 벤쳐기업등에 간접투자하는 경우에도 기존의 주식양도차익 비과세 혜택을 유지할 수 있도록 함
자. 근로자의 과세형평 제고를 위하여 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례를 폐지함
차. 중소기업창업투자조합 등 출자에 대한 소득공제 수준을 축소하고 일몰을 연장함
카. 외국인임직원 등에 대한 비과세급여 공제방식을 근로소득의 30%에서 과세급여액의 30%로 하고, 일몰을 2009년말까지로 신설함
타. 5년 이상 사업을 영위한 중소기업이 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 연구개발업 등으로 업종을 전환함에 따라 발생한 소득에 대하여 사업전환후 최초로 소득이 발생한 사업연도 및 그 이후 3년간 소득·법인세를 감면하는 제도를 신설함
파. 1년 이상 사업을 영위한 중소기업에 해당하는 법인이 자가물류시설을 매각하고 물류활동을 특수관계자 이외의 자에게 위탁하여 수행하는 경우 자가물류시설의 양도차익에 대한 법인세를 3년 거치 3년 분할과세하는 조세특례제도를 신설함
하. 내국법인이 물류사업부문을 분할한 후 물류전문법인과 합병하는 경우 1년 이상(일반적인 분할의 경우에는 5년 이상) 사업을 계속 영위한 법인이 분할하는 경우에도 분할평가차익 과세이연을 허용하고, 물류기업간 합병시에는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식비율을 발행주식총수의 3%이상(일반적인 경우는 10%)인 경우에도 합병법인에 대하여 피합병법인의 이월결손금 승계를 허용함
거. 농업회사법인에 투자한 주주의 배당소득에 대하여 비과세하는 등의 세제지원제도를 신설함
너. 자경농민이 영농자녀가 일정규모이하의 농지등을 2011년 12월 31일까지 증여하는 경우 5년간 합산하여 증여세 1억원까지 감면하고, 해당 농지등을 양도하는 경우에는 증여자인 자경농민의 당초 취득가액을 기준으로 양도소득세를 과세하도록 함.
더. 조합법인 등에 대한 당기순이익 과세특례제도를 3년간 연장하여 2009년 12월 31까지로 함.
러. 소득금액의 100분의 50 범위내에서 손금산입하는 기부금 대상에 지방의료원에 시설비등으로 지출하는 기부금을 추가하고, 국립암센터에 대하여도 다른 특례기부금대상 병원과 동일하게 그 용도를 시설비등으로 일치시켰으며, 동 제도의 일몰시한을 3년간 연장하여 2009년 12월 31까지로 함
머. 수익사업소득의 100%를 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있는 대상법인의 범위에 지방의료원 및 대한적십자사가 운영하는 병원을 추가하고, 대구하계유니버시아드대회조직위원회를 삭제하여 그 대상을 조정하며, 일몰시한을 3년간 연장하여 2009년 12월 31까지로 하는 한편, 농업협동중앙회 등 수익사업소득의 80%까지 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있는 특례제도는 일몰시한을 2년간 연장하여 2008년 12월 31까지로 하고, 기금을 관리?운용하는 법인에 대한 특례제도는 일몰시한을 3년간 연장하여 2009년 12월 31까지로 함.
버. 10만원 이하의 기부금에 대하여 기부금의 11분의 10을 소득세에서 공제하도록 정치자금 세액공제제도를 개선함
서. 행정중심복합도시안에서 사업을 영위하는 내국법인이 행정중심복합도시의 공장등을 사업시행자에게 양도하고 수도권과밀억제권역 및 광역시를 제외한 지방으로 이전함에 따라 발생하는 양도차익에 대하여 법인세를 3년 거치 3년 분할과세하도록 함
어. 기업도시개발사업 참여기업이 사업전담기업에게 동 사업구역내의 토지를 현물출자함에 따라 발생하는 양도차익에 대하여 주식의 처분시점까지 법인세를 과세이연하도록 함
저. 외국인투자기업에 해당하는 경제자유구역개발사업 시행자가 개발사업 추진을 위해 설립한 내국법인에게 보유토지를 현물출자함에 따라 발생하는 양도차익에 대하여 주식의 처분시점까지 법인세를 과세이연하도록 함.
처. 종전 보육시설을 운영하는 내국법인이 새로운 보육시설을 대체취득하기 위해 종전 보육시설을 양도함에 따라 발생하는 양도차익에 대하여 법인세를 3년 거치 3년 분할과세하도록 함.
커. 장기주택마련저축 비과세제도의 일몰시한을 2009년 12월 31일로 3년 연장하고, 장기주택마련저축의 배당소득을 비과세대상에 추가함.
터. 자사주 배정시 과세된 우리사주가 조합에 회수되는 경우에는 조합이 회수일이 속하는 과세기간의 연말정산시 차감할 수 있도록 하고, 과세대상 자사주 인출시 비과세되는 자사주 보유기간을 조정하며, 배당소득 비과세대상 기준금액을 5천만원에서 3천만원으로 인하함
퍼. 해외자원개발투자회사에 투자하는 개인투자자의 배당소득에 대하여 보유주식이 투자회사별 액면가액 3억원이하인 경우 2008년 12월 31일까지 비과세하는 등의 세제지원제도 신설함.
허. 신용등급이 낮은 기업이 발행한 채권을 일정비율 이상 편입한 투자신탁등에 가입하는 경우 거주자는 투자원금 1억원 한도로 5퍼센트의 세율로 원천징수 및 분리과세하고, 비거주자 또는 외국법인은 한도없이 5퍼센트의 세율로 원천징수토록 함.
고. 복권당첨소득 등에 대한 분리과세 일몰신한을 2년간 연장하고 30% 세율적용 당첨금 기준금액을 5억원에서 3억원으로 인하함
노. 현행 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례제도 중 다른 주택을 양도하는 경우 감면대상 신축주택은 소유한 것으로 보지 않고 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하는 것에 일몰기한을 신설하여 다른 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한해 적용하도록 함.
도. 저소득자의 근로를 장려하고 소득을 지원하는 환급가능한 공제제도인 근로장려세제를 도입함
(1) 근로장려세제의 적용대상은 당해연도 총소득이 1,700만원 미만인 근로자 가구로서 18세 미만의 자녀를 2인 이상 부양하고 무주택이며 일반재산의 합계액이 1억원 미만인 경우로 함
(2) 국민기초생활보장법에 의한 수급자, 배우자가 내국인이 아닌 외국인, 다른 거주자의 부양아동에 해당하는 경우에는 적용대상에서 제외함
(3) 부부의 과세대상 근로소득을 합산한 금액을 기준으로 연간 근로소득이 800만원 미만은 근로소득의 10%, 800만원 이상 1,200만원 미만은 80만원, 1,200만원 이상 1,700만원 미만은 1,700만원에서 근로소득을 제한 금액의 16%를 근로장려금으로 산정함
(4) 근로장려금은 종합소득세 신고시 신청자에 한하여 지급하며, 신청자는 근로장려금 신청시 근로소득 사실을 입증할 수 있는 지급조서 등 증빙서류를 첨부하여야 함
(5) 납세지 관할세무서장은 근로장려금의 신청을 받은 때에는 원칙적으로 소득세 과세표준확정신고기한 경과후 3월 이내에 결정하여야 하며, 근로소득을 기준으로 산정된 근로장려금은 이미 납부한 세액으로 보아 납부할 소득세액에서 차감하고, 이 경우 근로장려금이 납부할 소득세액을 초과하는 때에는 그 초과금액을, 납부할 소득세가 없는 경우에는 근로장려금 전부를 환급하며 조세지출로 처리함
(6) 고의·중과실 등으로 허위신청시 2년, 사기 기타 부정한 방법으로 허위신청시 5년간 근로장려세제를 적용하지 아니하며, 신청자로 하여금 허위신청을 하게 한 자도 같은 기간 동안 근로장려세제를 적용하지 아니함
(7) 근로장려금 결정을 위하여 신청자의 금융거래 내용 확인이 필요한 경우에 국세청장은 금융기관의 장에게 금융거래의 내용에 관한 자료를 요구할 수 있음
로. 농·어민 이외의 자가 면세유류를 불법유통할 경우의 추징할 수 있는 법적근거를 마련하여 농·임·어업용 면세유류의 관리를 강화함
모. 일반택시운송사업자의 부가가치세 납부세액 50% 경감제도의 적용시한을 2008년 12월 31일까지 2년간 연장함
보. 고철, 폐지 등 재활용폐자원의 경우 매출액의 100분의 80 범위내에서 영수증 매입에 의한 부가가치세 매입세액공제특례를 허용하고, 영수증에 의한 매입세액공제율을 108분의 8에서 106분의 6으로 축소함.
소. 제주첨단과학기술단지 등 입주기업에 대해 최초 소득발생 과세연도부터 3년간 100%, 2년간 50% 소득·법인세를 감면하는 제도에 대하여 일몰기한(2009년 12월 31일)을 도입하고, 소득이 발생하지 않은 경우 사업개시일로부터 5년이 되는 날부터 감면기간을 적용하도록 함.
오. 감면의 영구화를 방지하기 위해 기술도입계약 관련 외국인기술자의 소득세 감면 및 기술도입대가에 대한 법인세감면 일몰기한을 신설함
조. 외국인투자기업의 권리구제를 강화하기 위해 외국인투자기업의 조세감면 여부 결정에 대하여 감면여부 결정일로부터 90일 이내에 이의신청을 할 수 있는 제도를 도입함.
초. 신용카드·현금영수증가맹점 등으로 사업용 계좌를 개설하여 기장한 사업자에 대하여 전년대비 120%를 초과하는 수입금액에 해당하는 산출세액을 공제하도록 함
코. 전자어음도입 사업자에 대하여도 성실신고사업자 과세특례제도를 적용하도록 함
토. 직불(체크)카드의 사용금액에 대한 소득공제율을 종전의 15%에서 20%로 상향조정하고, 현금영수증 발급거부시 신고·인증된 금액에 대해서는 소득공제 허용함
호. 공급자가 세금계산서를 발급하지 않는 경우 공급받는 자가 관할 세무서장의 확인을 거친 후 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있도록 하는 매입자발행세금계산서제도를 도입함
호. 사업자가 현금영수증 발급을 거부하는 경우 소비자가 관할 세무서장에 신고 후 승인을 얻은 경우 현금영수증을 발급한 것으로 하는 현금거래 신고·인증제도를 도입함
구. 수도권과밀억제권역 내에서 2년 이상 사업을 영위한 중소기업이 수도권 외로 공장시설 전부(본점 포함)를 이전할 경우 최저한세의 적용을 배제함
누. 조세중립성 제고를 위하여 2006년에 일몰이 도래하는 감면제도를 중심으로 감면목적이 달성되었거나 여건변화에 따라 지원의 타당성이 낮아진 제도, 외국의 사례가 없거나 국제기준에 부합되지 않는 제도 등의 비과세·감면제도를 축소·폐지하였으며, 일몰이 없는 제도 중 조세감면제도의 효율적 운영에 필요한 사항에 대하여 일몰을 신설함
3.의견제출
위 개정(안)에 대하여 의견이 있는 기관·단체 또는 개인은 2006년 9월 13일까지 다음 사항을 기재한 의견서(A4종)를 재정경제부장관(참조 : 조세지출예산과, 2150-9131, FAX：503-9244, e-mail：kwbyun@mofe.go.kr)에게 제출하여 주시기 바랍니다.
가.예고사항에 대한 항목별 의견(찬·반 여부와 그 사유)
나.성명(단체의 경우에는 단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호
다. 기타 참고사항
