기업에 적용하는 조세특례제도 가운데서 연구‧인력개발비(R&D) 세액공제는 단연 최고의 세제혜택으로 꼽힙니다.
단순하게는 연구원에게 지급한 급여의 25% 정도를 세액공제를 받을 수 있기 때문이죠. 가령, 연봉 5000만원의 연구원이 10명이라고 한다면 1억원이 넘는 세금을 공제받을 수 있다는 것입니다.
R&D 비용을 지출한 기업 입장에서는 세제상 혜택이 매우 크다보니 '실수든 고의든' 공제대상을 잘못 계산해 과세당국으로부터 세금을 추징당하는 경우도 종종 발생합니다.
납세자와 과세당국 간 마찰이 잦은 부분은 아마도 기업부설연구소에서 전담으로 연구하는 직원의 인건비일 것입니다. 기업이 세제혜택을 받고자 한다면 기업부설연구소 인증을 받고, 별도의 공간을 마련해 그 안에서 실제로 연구행위가 있어야 합니다.
오늘은 매출신고를 누락한 세무조사 사례에 대해 안내드리려고 합니다.
프랜차이즈 사업을 영위하고 있는 A법인은 2개 연도에 걸쳐 매출을 누락한 사실이 적발돼 세금을 추징 받게 됩니다. A법인은 매출누락은 의도한 부분이 아니었다고 합니다. A법인과 B가맹점 간 발생한 인테리어, 인건비 등이 R&D 공제 대상에 해당하는지 보고 신고금액에서 제외했다는 것입니다.
과세당국인 국세청은 해당 업무와 관련해 실제 거래한 사실이 확인되는 경우에는 손금에 산입할 수 있다며, 객관적인 자료를 증빙하지 못한 A법인의 주장은 받아들이기 어렵다는 입장입니다.
조세심판원은 이 사건의 심리‧결정에 앞서 A법인의 기업부설연구소를 현장 확인을 진행했습니다. 놀랍게도 이 연구소에는 직원을 비롯해 설비 시설이 전혀 없었습니다. 되려 A법인의 조직도, 경비 사용내역 등에서 해당직원들이 타부서 소속인 것으로 확인됐습니다.
조세심판원은 A법인의 기업부설연구소에서 연구개발의 업무를 인건비를 받은 직원들이 전담했다는 사실을 입증할만한 증빙 자료가 없다는 이유로 국세청의 손을 들어줬습니다.
심판원의 결정문을 통해 “처분청이 쟁점직원들의 인건비에 대해 연구‧인력개발비 세액공제를 배제해서 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다”고 밝혔습니다.
[참고 심판례 : 조심 2016서3272]
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