세법은 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산을 취득한 것으로 간주하여 취득세를 내도록 하고 있다. 과점주주가 되면 해당 법인의 재산을 실질적으로 소유하고 있는 것과 크게 다를 것이 없다고 보기 때문이다.
하지만 지주회사의 설립과 전환을 장려하기 위하여 공정거래법에 따른 지주회사가 되면서 자회사의 주식을 취득하여 과점주주가 된 때에는 간주취득세를 내지 않도록 하는 특례를 인정하고 있다. 그렇다면 이미 공정거래법에 따라 설립된 지주회사가 국내 회사의 주식을 취득하여 자회사로 새로이 편입한 경우에 과점주주 간주취득세를 부과할 수 있는 것일까?
대법원은 이와 관련 “이미 공정거래법에 의하여 설립 내지는 전환된 지주회사가 계열회사가 아닌 국내 회사의 주식을 일시에 취득함으로써 그 국내회사를 자회사로 새로 편입하여 그 국내회사의 과점주주가 된 경우에도, 감면대상인 '지주회사가 된 경우'에 해당하여 간주취득세를 부과할 수 없다”고 판결하였다.
과세관청은 다음의 두 경우에 위 특례규정이 적용되는 것으로 해석하고 있었다. 먼저 최초로 공정거래법에 따라 지주회사를 설립하거나 지주회사로 전환하면서 취득하는 자회사의 주식이다. 다음으로 지주회사가 이미 일부 지분을 가지고 있던 기존 자회사의 주식을 추가적으로 취득하여 과점주주가 되는 경우이다.
반면, 제3의 회사가 발행한 주식을 취득하여 새로이 자회사로 편입시키는 경우에는 이 특례규정이 적용되지 않는 것으로 해석해왔다. 세법에서는 지주회사가 자회사 주식을 취득하는 경우에 특례규정이 적용되는 것으로 규정하고 있었다. 과세관청은 이러한 세법규정을 좁게 해석하여 지주회사가 제3의 회사를 자회사로 편입시키는 경우에는 과세특례가 적용되지 않는 것으로 보았다.
그러나 공정거래법은 이미 설립된 지주회사라도 새로이 자회사를 편입시키는 것이 가능하도록 규정하고 있다. 세법에서도 지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우에 특례규정이 적용된다고 규정하고 있을 뿐 편입 유형에 따른 과세상 차이를 두고 있지 않았다.
대상 판결은 지주회사가 제3의 회사를 자회사로 새로이 편입하면서 과점주주가 되더라도 간주취득세를 과세할 수 없는 것으로 판단하였다. 새로 지주회사를 설립하는 경우와 마찬가지로 세제혜택을 부여할 필요가 있다고 인정하였다.
따라서 공정거래법에 따른 지주회사를 새로 설립하는 경우는 물론, 이미 공정거래법에 따라 설립된 지주회사가 국내 회사의 주식을 취득하여 과점주주가 되는 경우에도 간주취득세를 부과할 수 없게 되었다.
세법은 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 원활하게 하기 위한 지주회사의 설립 내지 전환에 세제혜택을 주고 있다. 위 특례규정을 엄격하게 해석하여 적용하면 공정거래법에 따라 이미 신설 내지 전환된 지주회사는 아무런 혜택을 받지 못하게 된다. 지주회사에 대한 조세특례의 도입취지를 고려한 판결로 이해된다. 대상판결은 이 사건 조세의 감면규정을 해석함에 있어 입법취지를 고려하여 감면의 혜택의 폭을 넓혀 합리적인 결론을 도출하였다는 점에 큰 의미가 있다. 대법원 2017.4.13.선고 2016두59713 판결
