대법원은 "불공정합병이 이루어진 경우 합병당사법인들의 주식을 함께 보유하고 있는 법인에 대해서는 주가가 과소평가된 합병당사법인의 주주로서 입은 손실과 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주로서 얻은 이익을 통산하여 실질적으로 분여하거나 분여받은 이익이 있는지 밝힌 다음 그 결과에 따라 법인세법상 부당행위계산부인 규정과 법인세법상 익금 규정 중 어느 하나를 적용하여야 한다"고 판결했다.
이 사건에서 원고는 합병법인과 피합병법인의 주식을 각각 소유하고 있었다. 합병법인이 피합병법인의 특정 사업부문을 분할합병하였다.
과세관청은 피합병법인의 주식가치를 시가보다 높게 평가하여 합병비율을 산정한 것으로 보았다.
이에 따라 시가에 따라 합병하였더라면 받았을 주식보다 더 많은 숫자의 합병법인 주식을 부여받은 것으로 보았고, 이를 원고의 과세소득으로 보아 법인세를 과세하였다.
합병비율을 시가와 다른 비율로 하면 합병당사법인의 주주간에 이익이 서로 분여될 수 있다.
가령 아버지가 소유한 합병법인과 아들이 소유한 피합병법인이 합병한다고 가정해 보자. 그리고 합병법인 주식의 시가는 1백만원이고 피합병법인 주식의 시가는 1만원인데, 1:1의 비율로 합병한다고 가정해 보자.
합병후 법인의 가치는 1백1만원이고, 1:1의 비율로 합병하였음으로 아들은 그 1/2인 5십만5천원의 가치가 있는 주식을 취득하게 된다. 반면 아버지가 소유한 주식의 가치는 1백만원에서 5십만5천원으로 하락하게 된다.
이에 따라 세법은 불공정합병으로 특수관계 있는 주주간에 이익의 분여가 있으면 이를 소득 또는 증여로 보아 과세한다. 이익을 받는 자가 법인이면 법인의 소득으로, 개인이면 증여로 보아 과세한다.
이 사건에서 원고는 피합병법인의 주주로서는 합병에 따라 이익이 발생하였으나(위 예에서 아들), 합병법인의 주주로서는 손실이 발생하였으므로(위의 예에서 아버지) 전체적으로 보아 주주로서는 손익이 없다고 주장하였다.
그러면서 합병으로 인한 손실을 고려하지 않고 이익만 소득으로 하여 과세하는 것은 이중과세에 해당한다고 주장하였다.
원심은 원고가 피합병법인의 주주로서 분여받은 이익은 그 실질이 증여이익으로서 과세소득을 구성하는 것으로 보았다. 그리고 합병법인의 주주로서 발생한 손실은 특별히 감안하라는 규정이 없으므로 이중과세에 해당한다고 볼 수 없다고 판단하였다.
대법원은 아래와 같은 이유를 들어 원심 판결을 파기하였다.
첫째, 주가가 과소평가된 합병당사법인의 주주로서 입은 손실과 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주로서 얻은 이익의 크기가 같은 범위에서는 해당 법인에게 불공정합병에 따른 부의 이전 효과가 발생하지 않는다.
둘째, 불공정합병 당시 어느 법인이 합병당사법인들의 주식을 함께 보유하고 있었다면 해당 법인에게는 불공정합병에 따른 손실과 이익이 함게 귀속되므로 해당 법인이 불공정합병으로 인하여 이익을 분여하였는지는 그 손실과 이익을 통산하여 실질적으로 판단하여야 한다.
셋째, 어느 법인이 합병당사법인들의 주식을 함께 보유하고 있는 상태에서 불공정합병이라는 하나의 자본거래가 이루어지는 경우 해당 법인의 순자산이 증가하였는지 여부는 순자산의 개념상 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주로서 얻은 이익과 주가가 과소평가된 합병당사법인의 주주로서 입은 손실을 통산하여 판단할 수 밖에 없다.
원심은 원고가 불공정합병의 합병당사법인들 모두의 주주라는 점은 법인세법상 이에 대한 규정이 없는 이상 특별히 고려할 수 없다고 판단하였다.
원고가 합병당사법인들 모두의 주주라는 점에서 이익을 분여받는 측면이 있는 동시에 이익을 분여하는 측면도 존재하는데 원심은 이러한 점을 고려하지 않은 것이다.
소득과세의 정당성은 담세력에 따른 과세에 있다. 불공정합병으로 인한 부당행위계산부인 규정의 취지가 주식 가치 변동에 따른 부의 이전 효과에 있다. 그런데 동일법인이 불공정합병의 합병당사법인들 모두의 주주라면 부의 이전 효과가 발생하지 않은 경우도 발생할 수 있다.
이러한 불공정합병에 따른 합병당사법인들의 주주 사이의 이익분여 구조 등에 비추어 보면 실질적으로 이익이 발생하였는지 여부에 따라 과세하는 것이 소득과세의 정당성을 담보하는 것이라 생각한다.
이러한 관점에서 대법원은 불공정합병 당사법인들의 주주가 동일인인 경우 법인세법 규정의 적용 방법을 합리적으로 제시하였다는 데 의의가 있다고 본다. 대법원 2022. 12. 29. 선고 2018두59182 판결
