그러나 어디까지나 '부득이한' 사정에 의한 예외는 인정된다. 해당 납세자들이 세법 규정을 꼼꼼히 챙겨봐야 하는 문제이기는 하지만 이 예외를 잘 활용하면 굳이 내지 않아도 될 세금을 내는 일을 방지할 수 있다.
현실적으로 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 직접 땅을 경작한 사실이 있지만 양도일 현재는 농지가 아닌 상태로 양도하는 경우가 있을 수 있는데 이 경우 몇 몇 특수한 사정이 있을 경우 예외가 인정되고 있다.
우선 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 '형질변경'을 하거나 '건축착공' 등을 한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 한다. 즉 매매계약체결 당시에는 농지였다는 점을 입증만 하면 양도세 감면 혜택을 받을 수 있다.
또 환지처분 전 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지로 지정이 되고, 그 환지예정지 지정일로부터 3년이 지나기 전 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우, 토지조성공사 착수일 현재 농지이면 감면을 받을 수 있다.
이와 함께 일시적으로 경작을 하지 않은 상태인 경우에도 양도세 혜택을 받을 수가 있다.
공부상 지목이 농지라 하더라도 양도일 현재 실제로 경작에 사용되고 있지 않은 토지는 양도세 감면대상에 포함되지 않지만, 일시적으로 휴경상태에서 양도한 경우에는 농지를 양도한 것으로 간주한다.
특히 8년 이상 자경한 농지가 일시적인 관리 소홀로 양도 당시 이주민들에 의해 불법점거 당해 농지로 사용되지 못한 경우를 일시적 휴경상태에 있었던 것으로 본다는 대법원 판례도 이와 같은 사례에 속한다.
또한 매수자가 농지를 매입한 다음 그 위에다 건물을 신축한 후 그 분양대금으로 잔금을 지급하기로 하는 매매계약을 체결하는 경우도 있는데 이런 경우에는 양도일 현재 농지가 아니므로 양도소득세 과세대상으로 자료가 전산출력 되기도 한다.
따라서 이런 경우에는 매매계약일 현재 당해 토지가 농지였다는 사실을 납세자 본인이 적극적으로 입증해 인정을 받으면 양도세 감면을 받을 수 있다.
