운영중이던 사업자체를 팔고 이에 맞는 정상적인 세금계산서를 교부했다가 뒤늦게 법원에 의해 사업양도자체가 원인무효가 된 경우, 이미 폐업신고를 한 이 사업자는 수정세금계산서를 끊어줄 수 있는 것일까.
정답은 수정세금계산서는 교부할 수 없고 이미 신고·납부한 부가가치세는 감액경정청구를 통해 되돌려 받아야 하며, 매입세액공제를 받은 매입자는 관련 세금을 추가로 납부해야 한다.
국세청은 11일 "부동산임대사업 관련 부동산을 매도하고 폐업신고를 했지만 뒤늦게 법원의 원인무효판결에 의해 부동산매도가 취소된 A씨가 '수정세금계산서를 교부할 수 있느냐'는 유권해석 요청에 대해 이같이 회신해줬다"고 밝혔다.
국세청에 따르면 A씨는 부동산임대업을 하다가 지난해 12월 사업관련 부동산(토지 및 건물)을 B씨에게 매도하면서 건물분에 대한 세금계산서를 교부하고, 부가가치세 확정신고를 한 뒤 같은 달 12월 30일 폐업신고를 했다.
그 뒤 A씨는 이듬해 부동산 매매계약에 대해 매매계약서상의 하자를 이유로 원인무효에 의한 소유권이전 말소등기의 소를 제기해 지난 6월 1심 승소했으며, 이에 대해 B씨는 항소를 포기한 상태.
이어 A씨는 "관련 부동산의 소유권말소등기 후 사업자등록을 신청하려고 하는데 이미 교부한 세금계산서를 수정해서 교부할 수 있는지 여부 및 그 시기와 방법, 경정청구를 해야 하는 지와 A와 B씨의 부가가치세 신고납부방법에 대해 유권해석을 해달라"고 요청했던 것.
국세청은 유권해석(서면인터넷방문상담3팀-2764. 2006. 11. 13)에서 "사업자가 사업용 부동산을 양도하면서 세금계산서를 교부한 후 부가가치세를 신고·납부하고 폐업신고, 그 후 양도거래가 원인무효 판결로 취소된 경우는 수정세금계산서는 교부할 수 없다"고 밝혔다.
국세청은 이어 "이 경우 A씨는 신고·납부한 부가가치세에 대하여 경정청구할 수 있는 것"이라며 "거래상대방의 폐업으로 당초 계약이 취소된 B씨는그 사유가 발생한 때가 속하는 과세기간에 당초에 공제받은 매입세액을 납부세액에 가산해야 한다"고 해석했다.
