국세청이 정해진 기간 안에 이뤄져야 할 심판·심사청구 인용사건에 의한 환급 업무 처리를 지연해 감사원의 주의를 받은 것으로 밝혀졌다.
국세청은 또 과세자료를 수집하지 않거나 과세표준을 잘못 인정하는 등의 사유로 부가가치세·소득세 등을 정당금액보다 1133억원 가량 부족하게 징수한 것으로 나타났다. 이는 전년 회계연도 대비 67억원 가량이 늘어난 금액이다.
7일 감사원이 국회에 제출한 '2006 회계연도 결산검사보고서'에 따르면 국세청은 2006년 회계연도 동안 부가세·소득세 등에서 1133억5897만원의 세수를 징수하지 않아 8명이 징계조치를 받았다. 또 심판·심사청구 인용사건에 의한 환급 업무 처리를 지연해 주의 조치 등을 받았다.
감사원이 국회에 제출한 '2006 회계연도 결산검사보고서'는 감사원이 예산집행과 재산관리 등에 서면검사와 함께 지난 2006년 5월 1일부터 2007년 5월 14일까지 결산·재무·기관운영감사와 성과·특정과제감사에 대한 결과다.
감사원은 "정당금액보다 부족 징수한 소득세 등을 추가 징수하는 등의 조치와 함께 국세청 본청과 그 소속기관에 대한 감사결과 적발된 116건에 대해 변상판정 또는 처분요구를 통보했다"고 밝혔다.
□ 반복 패소되는 불합리한 예규 정비 국세청에 통보= 감사원은 먼저 국세청에 불합리한 예규를 정비하라고 통보했다.
감사원에 따르면 지난 2002년 강서세무서가 B씨에게 '재화가 국외로 반출된 사실이 확인되지 않는다'는 사유로 부가가치세를 부과했으나 법원이 '예금통장 사본과 수출품의 포장명세서 등으로 볼 때 세무서의 처분은 위법하다'고 판결했으나 국세청은 2005년 12월까지 법원 등에서 반복해서 패소하고 있는 위 유권해석을 그대로 두고 있는 것으로 알려졌다.
국세청은 지난 1998년 부가가치세법 제11조 등의 규정과 관련해 '간이수출신고 없이 국외에서 재화를 판매하는 경우에는 영세율을 적용 받을 수 없다'는 질의회신을 한 바 있다.
또한 감사원은 국세청에 정해진 기간 안에 이뤄져야 할 심판·심사청구 인용사건에 의한 환급 업무 처리를 지연하지 않도록 주의를 요구했다.
감사원에 따르면 국세청은 2005년 12월 심판·심사 결정일로부터 국세환급결정일까지 기간을 점검하기 위해 881건의 표본을 조사한 결과, 이 중 760건은 정상적으로 30일 이내 환급했으나 121건은 짧게는 31일, 길게는 178일이 지난 후에야 환급했고 환급업무 지연처리로 국세환급가산금 부담액이 발생하고 있다고 지적했다.
□ 배당소득 세액공제 잘못해 234억 돌려줘= 감사원은 또 종합소득세 배당소득 세액공제 실태 점검 결과 연간 4000만원을 초과하지 않는데도 배당소득 공제를 신청한 3108명에게 세액공제를 해줘 234억5000만원을 되돌려 준 것으로 드러났다.
감사원은 이어 부가가치세 신고 적정여부에 대해 178인(법인포함)이 기술감정 등 328건의 용역수행 대가로 받은 94억원을 수입으로 신고하지 않아 부가세 등 18억4001만원이 징수결정되지 않고 있었다고 밝혔다.
상속세 부분 과세여부 감사에서도 금전대부업을 하는 A씨가 그의 아들 예금에서 22억원을 인출해 사용하고 변제하지 않았다며 이를 채무로 봐 상속재산가액에서 차감신고하고 입증서류를 제시하지 않았음에도 부산국세청이 이에 대한 상속세 8억452만원을 징수하지 않아 감사원 감사에 적발됐다.
□ 대전청, 지방이전 공장 세액 과다감면 해줘 법인세 부족 징수= 감사원의 법인세 과세부분 감사에 따르면 대전청은 2006년 7월 충남 아산에 위치한 某주식회사 법인세 조사에서 공장이전 전에 설정해 공장이전 후에 익금산입한 연구인력개발준비금 등 19억 원을 감면 대상 소득에 포함해 감면세액을 계산했는데 이를 그대로 인정해 법인세 5억4963만원을 부족 징수했다.
이어 감사원은 우리나라와 조세조약이 체결되지 않은 대만·홍콩 거주 법인에 지급한 사용료, 이자·배당, 기타소득 이행실태를 확인한 결과 34건, 총 19억5000만원의 배당소등 등을 대만·홍콩에 있는 법인에 지급하면서 세율을 잘못 적용해 원천징수액 2억5271만원을 부족하게 징수했다고 밝혔다.
법인세법 제98조에 따르면 비거주자 또는 외국법인에게 이자·배당 소득, 사용료, 인적용역소득을 지급하는 자는 그 지급액의 100분의 20내지 25를 원천징수해 납부하도록 되어 있고 조세조약이 체결돼있는 국가에 속하면 최고 100분의 15까지 원천징수하도록 되어 있다.
