30일 국세심판원은 약사의 조제용역은 부가세가 면세되는 사업이지만 건강음료나 의료용품 등을 판매하는 것은 부가세가 부과되는 사업이기 때문에 매출세액공제를 위한 매입세액계산시 조제실을 제외한 면적을 기준으로 해야 한다는 약국주인 A씨의 주장을 기각했다.
국세심판원에 따르면 A씨는 약국사업장을 4억4000만원에 분양받아 매입세액 4400만원에 대해 조제실 면적에 해당하는 231만원을 제외하고 4168만원을 매출세액에서 공제한 다음 부가세 조기환급을 신고했다.
그러나 국세청은 약국의 운영은 주로 병원의 처방전에 의한 조제목적으로 운영되고 있고, 과세분의 판매는 일부일 뿐이며 기타 약국의 운영과 관련한 전반적인 공간 모두가 면제구역인 조제공간에 해당한다고 판단하고 A씨에게 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의해 안분계산한 부가세를 부과했다.
A씨는 조제실이 약국 안에 별도로 설치돼 있고, 조제용 양약도 부피가 적어서 조제실에 모두 보관하고 있기 때문에 면세사업의 실지 귀속면적을 구분할 수 있다고 주장했지만 국세청은 조제실만 면세사업과 관련된 사업면적이라고 할 수 없기 때문에 A씨의 약국 분양과 관련한 매입세액은 면세사업과 과세사업에 공통으로 사용되는 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액으로 봐야 한다는 것.
국세심판원은 "조제실을 제외한 대부분의 면적도 의약품과 건강보조식품 등의 진열장소로 사용하고 처방전에 의한 조제약품 구입고객과 건강보조식품 구입고객의 대기 장소 등으로 사용하며 진열된 의약품류도 결국 조제에 쓰인다"며 "조제실 면적만 순수하게 면세사업구역으로 볼 수 없다"고 A씨의 불복청구를 기각했다.
