재판부는 판결문에서 "공유수면매립법에 의한 매립공사와 항만법에 의한 항만시설공사가 동시에 행해졌다고 하더라도 이는 개념상 구별되는 것"이라며 "원고의 공유수면 매립공사와 항만시설공사를 일체로 평가해야 할 합리적 근거가 없는 만큼 서로 달리 과세여부를 판단해야한다"고 지적했다.
재판부는 이어 "원고가 자기의 비용으로 공사를 하고 항만법에 따라 그 소유권을 취득한 이 사건 항만시설공사는 국가 등과 원고 사이의 아무런 거래관계가 존재하지 않고 국가 등에 대한 용역 제공으로 평가할 수 없다"며 "공유수면매립법에 근거해 원고의 항만시설공사에 소요된 비용까지 그 소유권을 취득한 매립지와 실질적.경제적 대가관계가 존재한다고 보고 원고의 이 사건 부가가치세 경정청구를 거부한 피고의 처분은 위법하다"고 밝혔다.
2001년 액체화학 화물보관.판매업체인 D화학은 2006년 울주군에 전용부두시설 공사를 하면서 사업부지와 부두 이외 배후도로와 바닷가는 국가에 귀속시키로 하고 공사를 마쳤다.
이후 총공사비 150억원 중 부가가치세로 12억여원을 납부했지만 부두 등 항만시설공사는 과세대상이 아니기 때문에 납부액 9억여원을 돌려달라는 취지로 제기한 경정청구를 세무서가 거부하자 소송을 냈다.
