국세청은 "도시재개발법에 의한 재개발조합 또는 주택건설촉진법에 의한 재건축 조합의 조합원이 당해 조합에 기존주택과 부수 토지를 제공하고 취득한 입주권을 2001년 1월 1일 이후 양도하는 경우 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서 공제할 수 있다"고 밝혔다.
국세청은 그러나 "이 때 당해 입주권의 양도차익은 소득세법 시행령 제166조 제1항에 따라 기존부동산의 양도차익과 입주권프리미엄을 구분해 산정한 후 합산한 가액으로 한다"고 설명했다.
한편 김○○씨는 지난 1985년 서울시 장안동에 소재한 아파트를 취득해 보유하던 중 2000년 10월 재건축 승인을 받은 후 2001년 1월 입주권을 매도했으며 이 때 입주권에 대한 장기보유특별공제 여부를 문의했었다.
참고로 장기보유특별공제란 자산의 보유기간이 3년 이상 장기보유자산에 대해 그 양도소득금액을 산정할 때 일정액을 공제해 줌으로써 건전한 부동산 투자행태 또는 소유행태를 유도하려는 세제상의 장치이다.
이에 따라 토지와 건물 보유기간이 3년 이상인 등기된 양도자산에 대해 3년 이상 5년 미만 보유자산은 당해 자산의 양도차익의 10%, 5년 이상 10년 미만 보유자산은 당해 자산 양도차익의 15%, 10년 이상 보유자산은 당해 자산양도차익의 30%를 당해 자산의 양도차익에서 공제받을 수 있다.
