그런데 이듬해 관할 세무서로부터 900여만원의 양도세를 내라는 고지서를 받았다. 세무서에 찾아가 전후 사정을 알아본 A씨는 지난 16년 간 별거해 사실상 이혼 상태인 아내가 가진 주택이 문제가 돼 1세대1주택 양도세 비과세 혜택을 적용 받지 못한 것을 확인했다.
이에 A씨는 "16년간 별거하면서 독립세대를 구성하다 주택을 양도한 것" 이라며 국세청의 양도세 부과처분에 대해 국세심판원에 심판청구를 제기했다. 19일 심판원은 A씨의 청구를 받아들여 "양도세 부과처분을 취소하라" 고 결정을 내렸다.
심판원에 따르면 국세청은 '비과세되는 1세대1주택에 있어서 부부가 각각 단독세대를 구성했을 경우에도 동일 세대로 본다' 는 현행 소득세법 규정과 A씨와 부인이 별거했는지 여부가 구체적으로 '입증(?)' 되지 않았다며 정당한 과세권 행사였다고 주장했다.
그러나 심판원은 결정문을 통해 "청구인의 주민등록표에 따르면 A씨와 아내는 1975년 결혼해 한 주소지에서 살다가 지난 1988년 A씨가 다른 주소지로 이전하면서 현재까지 16년간 별거하고 있음이 확인된다" 고 설명했다.
심판원은 또 "지난 2003년 A씨의 아내가 가지고 있던 주택을 양도한 뒤 관할세무서에 이혼상태라고 고충청구를 신청해 1세대1주택 비과세 혜택을 받은 바 있다" 며 "A씨가 현재까지 별거상태이고 A씨의 아내가 최근 사실상의 이혼상태라는 고충청구를 신청하고 세무서장도 이를 인정했다는 점을 감안할 때 A씨를 1세대1주택으로 간주할 수 있다" 고 덧붙였다.
