국가전략기술 등 R&D 세액공제·통합 투자세액공제 적용 기한 연장

통합 투자세액공제 증가분 공제율 상향

정부는 전략산업의 경쟁력 강화와 기업 투자 촉진을 위해 국가 전략 기술 등 연구개발(R&D) 세액공제·통합 투자세액공제 적용 기한 연장 및 추가분 공제율을 상향한다.

기획재정부는 25일 '2024년 세법개정안'을 통해 올해 말로 만료되는 국가 전략 기술 등 R&D 세액공제·통합 투자세액공제 적용 기한을 오는 2027년 12월31일까지 3년간 연장하기로 했다고 밝혔다.

현행 R&D 비용 세액공제 대상은 국가 전략 기술(7개 분야) 및 신성장·원천기술(14개 분야) R&D로 정부는 공제율을 기업 규모별로 차등하고 있다. 신성장·원천기술에 대해 중소기업은 30~40%, 중견·대기업은 20~30%를 적용하고 있고, 국가 전략 기술 공제율은 중소기업 40~50%, 중견·대기업은 30~40%이다.

통합 투자 세액공제 대상 역시 국가 전략 기술(7개 분야) 사업화 시설 투자로 공제율도 기업 규모별로 차등을 두고 있다. 기본공제율은 대기업과 중견기업은 15%, 중소기업은 25%이며, 추가분은 4%다.

한편 정부는 현재 사업 유형별로 차등 적용 중인 통합 투자 세액공제 추가분 공제율은 차등을 두지 않고 일괄 10%로 적용하기로 했다.

현재 신성장·원천기술사업화 시설과 일반 시설엔 3%, 국가 전략 기술 사업화 시설엔 4%를 적용하던 것을 2025년 1월 1일 이후 개시하는 과세 연도에 투자하는 투자분부터는 일관 10%로 적용한다는 것이 골자다. 기업의 투자 촉진을 도모하기 위함이란 게 정부 측 설명이다.

한편 기업 성장 시 세액공제율이 점진적으로 축소되도록 하는 R%D, 통합세액공제 점감구조도 도입한다.

매출액 또는 자산 증가로 최초로 중소기업을 졸업(유예기간 종료)한 경우, 3년(일반 R&D의 경우 5년)간 중소기업과 중견기업의 중간 수준의 세액공제율을 적용한다.

점감구조 적용시기는 2025년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도에 최초로 중고시업을 졸업한 기업에 적용한다. 아울러 2021년 이후 중소기업 매출액 기준을 초과하여 이미 유예기간 중인 중소기업도 점감구조 적용이 가능하다.

예를들어 2021년에 중소기업 매출액 기준을 초과하여 3년('22∼'24년)간 졸업이 유예되고 2025년에 중소기업을 졸업한 경우 점감구조에 따른 공제율이 적용된다.

정부는 코스피·코스닥상장 중소기업은 졸업 유예기간을 3년에서 7년으로 2년 추가 연장하기로 했다.