조세심판원 "인정취소기간 인건비는 세액공제대상 제외"
기업부설연구소 등 R&D 기관의 연구 및 인력개발비용(인건비)은 지속적인 연구개발여부와 관계없이 정부가 기업부설연구소로 인정한 기간동안만 세액공제가 가능하다는 조세심판원의 심판결정이 내려졌다.
심판원은 15일 "정부기관으로부터 기업부설연구소로 인정받기 전의 기간이나 인정이 취소된 시점부터 다시 정부기관에 확인 받은 때까지의 기간동안 발생한 연구소의 인건비는 세액공제대상에서 제외되는 것"이라고 밝혔다.
미디어시스템단말기 도·소매업체인 A사는 지난 2005년 11월 기업부설연구소 신고서를 제출해 12월 정부로부터 인정을 받았다. 이후 2007년 3월 연구소 인정이 취소됐고 같은 해 11월 연구개발전담부서로 다시 인정을 받았다.
문제는 A사가 연구소 인정을 받기 전에 지출한 연구소 전담직원에 대한 인건비 9192만원과 다시 인정 받을 때까지의 인건비 1억478만원을 해당 연도 법인세 공제대상으로 신청했다는 것.
국세청은 A사가 연구소로 인정을 받기 전의 인건비와 연구소 인정이 취소된 기간의 인건비는 세액공제 대상이 아니라고 봤고, A사에 대해 관련 법인세 3792만9640원을 추징했다.
이에 대해 A사는 "연구소를 설립한 이후 연구개발을 위해 실질적으로 비용을 계속 지출했다"며 "정부로부터 인정받지 못했다는 이유로 세액공제를 적용하지 않는 것은 부당하다"고 심판원에 억울함을 호소했다.
2005년의 경우 연구 및 인력개발비 지출명세서를 첨부해 세액공제신청을 한다고만 규정되어 있을 뿐 신고의무가 규정돼 있지 않았고, 2007년의 경우 승인이 취소된 후 다시 인정될 때까지 연구개발업무를 계속했기 때문에 인건비가 세액공제 대상이라는 것이 A사 주장.
심판원은 그러나 "현행 세법에서 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상을 정부기관이 인정한 전담부서에 근무하는 자의 인건비로 규정하고 있다"며 "전담부서 또한 정부기관에 신고한 기업 내 연구개발전담부서로 규정돼 있어 세액공제 대상이 아니다"고 설명했다.
이에 따라 심판원은 "A사의 연구개발부서가 연구소로 인정받기 전이나 인정이 취소된 후부터 재인정 받기까지 발생한 비용은 세액공제를 적용 받을 수 없다"며 A사의 심판청구를 기각했다.
