의료기관이 제약사에 제공하는 임상시험 용역에 대해 부가가치세가 과세된다.
임상시험용역이 면세대상인 '환자에 대한 진료·치료용역'이 아니라는 이유에서다.
기획재정부는 국세청·조세심판원·법제처 관계자, 교수, 변호사 등이 참여한 국세예규심사위원회를 개최, 지난 3월17일 이후 최초로 용역 계약을 체결하는 것부터 과세하기로 했다고 13일 밝혔다.
앞서 기재부는 임상시험 용역의 부가세 과세 여부에 대한 국세청의 질의를 받고 검토한 결과 과세 대상에 해당하는 것으로 지난 3월17일 유권해석을 내린 바 있다.
가장 논란이 됐던 부분은 임상시험용역이 면세대상인지의 구분이었다.
기재부는 임상시험 용역은 면세 대상인 '환자에 대한 진료·치료용역'보다는 의약품 안전성 검사 등을 목적으로 제약사에 공급하는 시험 용역으로, 여러 선진국에서 과세하고 있다고 설명했다.
기재부는 또 "그동안 병원 등 의료기관은 임상시험용역을 계속 면세로 신고했고, 과세관청도 한번도 과세를 한 선례가 없다는 점을 감안해 유권해석일 이후 최초로 계약을 체결한 용역부터 과세하는 것이 맞다는 판단을 내렸다"고 밝혔다.
한편 기재부는 일각에서 제기한 임상시험 부가세 과세에 따른 세부담 증가 우려에 대해 '세부담은 없다'고 선을 그었다. 기재부는 "과세시 의료기관은 제약사로부터 부가세 포함된 대금을 받아 부가세를 납부하며, 제약사도 의료기관에 지급한 부가세 매입세액으로 공제받을 수 있다"고 밝혔다.
