[질의]1988년 6월 대구시 수성구 소재 농지 1,405㎡를 취득하였습니다. 2006년 10월 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 주거지역으로 편입되었다가 2012년 2월 농지 중 일부(605㎡)가 자연녹지지역으로 편입되었습니다.(농지 취득일부터 현재까지 계속해서 재촌자경 하였습니다.)
상기와 같이 토지 전체가 2006년 10월 25일 주거지역으로 편입되었다가 2012년 2월 그 중 일부가 자연녹지지역으로 편입된 경우 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】의 적용을 받을 수 있는지 알고 싶습니다.
[답변]1.「조세특례제한법」제69조 및 같은 법 시행령 제66조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정은 그 대상 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거·상업·공업지역(이하 “주거지역 등”이라 함)에 편입된 경우 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 같은 영 같은 조 제7항에서 말하는 소득을 대상으로 하는 것이며, 해당 토지가 같은 조 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 제외하는 것입니다.
2. 귀 질의의 경우, 농지를 취득 한 후 주거지역 등으로 편입되기 전까지 8년 이상 재촌자경(2014.7.1. 이후 양도하는 농지로써 같은 조14항에 해당하는 기간은 제외)한 농지가 주거지역으로 편입되었고, 그 중 일부가 다시 자연녹지지역으로 편입된 후 양도하는 경우로써 양도당시 자연녹지지역 안에 있는 농지인 경우에는 「조세특례제한법」제69조 및 같은 영 제66조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용받을 수 있는 것입니다.
☞조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】
① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 농업법인 이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 주거지역등 이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(환지처분) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1>
② 생략
③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
☞재산세과-1324, 2009.07.02.
「조세특례제한법 시행령」 제66조 제4항 제1호 본문에 따라 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외함) 또는 시(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외함)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 8년자경 감면 적용이 배제되나, 양도일 현재 녹지지역 안에 있는 농지는 당해 감면 규정이 적용되는 것임
