현행 조세특례제한법은 올해 말까지 식량작물재배업과 관련된 소득 전액과 식량작물재배업외의 소득에 대해 법인세를 면제해 주고 있습니다.
농업경영의 어려움을 해소하고, 농촌인구의 유출을 막기 위함인데요. 다만 감면을 받기 위해선 '농업경영 등록확인서'를 제출해야 합니다.
과세관청이 시골에 거주하면서 양돈업을 운영 중인 A법인의 세금 감면액을 인정하지 않고, 법인세를 경정·고지한 사건이 있어 이목을 끌고 있습니다.
과세관청은 왜 이런 결정을 내렸을까요?
조특법에서 규정하고 있는 법인세 감면요건인 '농업회사법인'으로 등록한 뒤 양돈 사업을 운영하고 있는 A법인.
A법인은 2016사업연도 법인세 신고 시 일정 부분 세액 감면을 적용한 뒤 법인세를 신고했습니다.
하지만 사후조사결과, A 법인이 세액 감면 요건인 농업경영 등록확인서를 제출하지 않은 채 세금감면을 받은 것으로 확인됐습니다. 이에 A법인의 감면세액을 인정하지 않은 채 곧바로 법인세를 경정·고지한 것인데요.
농업법인으로 등록한 뒤 양돈업을 수행했음에도 신청서류를 제출 하지 않았다는 이유만으로 세금을 감면해 주지 않겠다는 통보에 '멘붕'상태에 빠진 A법인의 대표.
결국 A법인은 조세심판원의 문을 두드렸습니다.
A법인은 실질과세원칙에 의거 면제요건이 모두 충족됨에도 단순서류 미제출을 이유로 세금을 감면해 주지 않는 과세관청의 처분은 절차상 중대한 하자가 존재하므로 취소되어야 한다고 주장했습니다.
이어 A법인은 "농업경영 등록확인서는 농업 회사 법인이 적법하게 설립된 법인인지 확인하기 위해 편의 상 외부기관의 확인을 받은 서류를 제출토록 한 취지"라고 강조했습니다.
하지만 과세당국은 "시행령의 명시된 농업법인 감면요건은 농업경영사업체 등록 후 그 등록확인서를 반드시 제출하도록 명시하고 있다"면서 "청구법인이 법에 명시된 감면 요건을 지키지 않아 세금감면은 해줄 수 없다"고 선을 그었습니다.
조세심판원의 판단은 어땠을까요?
심판원은 농업회사 법인이 과세표준 신고와 함께 세액감면신청서 및 면제세액계산서와 농업경영 등록확인서를 반드시 제출하도록 규정하고 있다며 해당 처분은 문제없다는 판단을 내렸습니다.
심판원은 결정문을 통해 "해당 법인이 뒤늦게 제출한 농업경영 등록확인서를 확인한 결과, 2017년 1월에 뒤늦게 농업경영체로 등록된 것으로 확인 된다"고 말했습니다.
심판원은 이어 "필수서류의 제출이 없음에도 실질과세원칙에 따라 법인세를 감면할 수 있다고 확대해석하는 것은 무리가 있어, 과세관청이 법인세 감면을 취소한 처분은 잘못이 없다"고 덧붙였습니다.
[참고 심판례 : 조심2018전1838]
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