대법원은 '기간과세에 있어서 확정된 결정 또는 판결에서 다투어진 과세처분과 과세기간을 달리하는 기간에 대하여 해당 결정 또는 판결의 취지에 따른다는 명목으로 한 새로운 과세처분에 대해서까지 위 규정에 따른 특례제척기간의 적용을 허용할 수 있는 것은 아니다'라고 판결한 하급심의 판결이 타당하다고 밝혔다.
세법은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 국세를 부과할 수 있도록 하는 일반적인 규정을 두고 있다. 이를 부과제척기간이라 한다. 그리고 세법은 이러한 부과제척기간에 관한 특례규정으로서 특례제척기간을 규정하고 있다.
세법은 일반적인 부과제척기간에도 불구하고 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 있는 경우에는 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 해당 결정 · 판결에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다.
국세에 관한 부과처분이 있은 후에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정되면, 과세관청은 부과제척기간의 경과로 다시 부과처분을 할 수 없게 된다.
가령 부동산임대소득으로 과세되어 행정심판 또는 행정소송이 제기되었는데, 부동산임대소득으로 과세하는 것은 위법하고 이자소득으로 과세하는 것은 타당하다는 취지의 결정 또는 판결이 있더라도 과세당국은 다시 과세할 수 없게 된다. 이러한 불합리를 해결하기 위하여 세법은 특례제척기간을 규정하고 있다.
이 사건에서 과세관청은 2009년과 2013년의 종합소득을 과소하게 신고한 것으로 보아 부과처분을 하였다. 납세자는 장부에 기재되지 않은 필요경비가 있다고 주장하였다. 이에 대해 조세심판원은 장부에 기재되지 않은 필요경비를 재조사하여 2009년 및 2013년 귀속 종합소득세를 결정하라는 재조사결정을 하였다. 이에 과세관청은 원고의 부외경비를 재조사 후 2009~2013년 귀속 각 종합소득세 관련 지급명세서미제출가산세를 추가로 부과하였다.
위 각 가산세를 부과한 시점에는 이미 5년의 부과제척기간이 경과되었기 때문에 특례제척기간 적용 대상인지 여부가 문제되었다.
1심은 특례제척기간의 적용대상이 아닌 것으로 판단하였다. 조세심판원의 재조사결정의 주된 취지는 '원고에 대한 2009년 귀속 종합소득세 및 2013년 귀속 종합소득세에 대하여 부외경비를 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정한다'는 것인데, 가산세 부과처분은 조세심판원 재조사결정에서 다투어졌던 2009년 및 2013년 귀속 종합소득세와 본질적으로 다른 새로운 항목의 부과처분에 해당하고 위 재조사결정의 심판대상에 포함된 것도 아니다.
따라서 이러한 가산세 부과처분은 조세심판원 재조사결정의 일부분을 이루는 후속 처분에 해당하지 않는다고 판단하였다. 결과적으로 가산세 부과처분에 특례제척기간을 적용할 수 없다고 본 것이다. 대상판결도 1심 판단이 적법하다고 보았다.
특례제척기간이 도입된 당초 취지는 쟁송절차에서 유리한 결과를 이끌어 낸 납세자에 대하여 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하려는 데에 있었으나, 실제로는 부과제척기간을 연장하는 효과가 있음을 부인하기 어렵다. 따라서 특례제척기간은 엄격하게 해석·적용되는 것이 바람직하다고 생각한다.
반면, 특례제척기간의 엄격한 적용에 대해 사실상 특례제척기간이 사문화되는 것이 아니냐는 비판도 있었다. 이에 2016. 12. 20. 개정 국세기본법은 제26조의2 제2항 제1호의2를 신설하여 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우에 1년의 특례가 적용되도록 하였다.
그 후 2021. 12. 21. 개정된 국세기본법은 위 제1호의2에 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 '세목'도 특례제척기간의 적용 대상에 추가하여, 특례제척기간의 적용 범위를 보다 확대하였다.
위 개정은 결정 또는 판결에 따라 정당한 세액의 납부 범위가 늘어난다는 장점은 있으나, 한편으로는 사실상 부과제척기간의 범위를 확대하는 결과가 되어 법적 안정성이 흔들릴 우려 또한 있다는 점에서 바람직한 개정인지 다소 의문이 있다.
요컨대 대상판결 사안의 경우 위 가산세 부과처분은 종전 종합소득세 부과처분과 처분의 동일성이 인정되지 않는 별개의 처분이므로 특례제척기간의 요건 및 취지에 부합하지 않을 뿐 아니라 사실상 부과제척기간에 관한 규정을 도외시한 처분이다. 대상판결의 결론은 타당하다. 대법원 2021. 12. 30.자 2021두50581 판결
