◆…조세일보 법인세 세금신고가이드 화면.
R&D 세액공제는 세금 절감 효과가 크기 때문에 기업 입장에선 절대 놓쳐서는 안 되는 제도지만, 요건이 복잡해 해당 여부와 공제 가능 금액을 놓고 기업과 과세관청 사이에 자주 다툼이 있는 제도이기도 하다.
추후 세액공제가 잘못된 것으로 확인되면 그동안 공제 받은 금액에 가산세 폭탄까지 추징되는 '대참사'가 발생할 수 있기 때문에, R&D 세액공제를 신청하기 전에 지출한 비용이 연구·인력개발비에 해당하는 지 확인해 보는 것이 좋겠다.
◆…(국세청 제공)
의무적으로 신청해야 되는 것는 아니고, 당연히 사전심사를 거치지 않더라도 사업자의 판단으로 세액공제 대상으로 신고할 수 있다.
사전심사는 법인세(소득세) 과세표준 신고 전 까지 홈택스(PC), 우편, 방문접수 등을 통해 신청할 수 있고, R&D 세액공제 신청 누락분은 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 가능하다.
R&D를 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용, 전체 비용 중 특정 항목만을 신청할 수 있으며 금액 제한도 없다.
신청할 때는 ▲R&D 세액공제 사전심사 신청서와 함께 ▲R&D 명세서 ▲R&D 보고서 ▲기타 관련 서류 등 세액공제 대상임을 증명할 수 있는 서류를 첨부해 제출해야 한다.
제도 도입 원년인 2020년에는 국세청에서 심사했지만 신속한 심사를 위해 지난해부터 일반법인은 국세청 본청 R&D 사전심사팀에서, 중소기업은 본점 소재지 관할 지방청에서 나누어 심사하고 있다.
이들은 R&D 활동이 조세특례제한법 제2조에서 규정한 요건에 적합한지 여부와 활동을 위해 지출한 비용이 세액공제를 적용받는 비용인지 여부를 집중 심사한다.
신청인이 제출한 서류를 바탕으로 비대면 방식의 서면심사를 원칙으로 하며, 사실관계 확인을 위해 부득이한 경우에 한해 신청인과 협의를 통해 최소한으로 현장확인을 실시한다.
사전심사 결과에 따라 신고한 경우 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되고, 추후 심사 결과와 다르게 과세처분되더라도 과소신고가산세가 면제된다. 또 심사결과에 대해 충분한 설명과 컨설팅 등의 자문 서비스가 제공된다.
단, 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나 사실관계의 변경·누락 및 탈루혐의가 있는 경우 이 같은 혜택이 제외된다.
심사결과에 이의가 있는 경우 1회에 한해 재심사청구가 가능하며, 재심사는 국세청 본청 R&D 사전심사팀에서 심사하게 된다.
국세청은 "올해부터 제출서류를 간소화하고 연구노트 작성방법을 국세청 누리집에 게시해 편리하게 신청할 수 있도록 조치했다"고 전했다. 공제대상임을 증명하는 서류를 급여대장 등 10가지로 명확화했다는 것.
국세청은 또 "가이드라인을 발간해 기업이 세액공제 적정여부를 판단하는데 도움을 주고 있다"고 밝혔다.
다음은 사전심사제도 관련 자주 묻는 질문.
Q. 사전심사제도 신청은 의무사항인가요?
A. 사전심사제도는 신청한 납세자에 대한 성실신고를 지원해 주기 위한 일종의 컨설팅 제도로 의무사항이 아닌 기업의 선택사항입니다.
Q. 신청인이 제출한 서류 등에 대한 비밀유지 및 보안 관리는 어떻게 하나요?
A. 국세청에서는 심사관련정보에 대한 접근권한 제한과 엄격한 내부통제 등을 통해 제출하신 자료를 철저히 관리·감독하고 있습니다.
Q. 신고내용확인이나 세무조사와 어떤 차이가 있나요?
A. 사전심사는 과세 목적이 아닌 성실신고지원을 통한 납세자의 납세협력비용 완화, 불확실성 해소에 그 의의가 있습니다.
Q. 기술심사를 하는 외부위원은 어떤 방식으로 위촉되나요?
A. 국세청 내부의 기술전문가와 국세청과 업무협약을 체결한 한국기술보증기금, 한국산업기술진흥원 등에서 위촉한 외부위원이 기술심사를 하고 있습니다.
