심판원의 결정은 비과세와 감면 요건 중 납세자에게 유리한 하나만을 적용해야 한다는 그 동안의 국세청 처분을 뒤집은 것이다.
특히 1998년 5월∼1999년 12월, 2000년 11월∼2003년 6월 신축된 양도세 감면 특례 아파트가 전국적으로 60만∼70만 가구에 이르는 것으로 추산되고 이 중 6억원 이상 고가 아파트가 상당수 포함돼 있다.
국세심판원은 20일 신축주택 감면 특례와 1세대1주택 비과세 요건을 갖춘 6억원 이상 고가주택을 판 뒤 관할세무서의 양도세 부과에 대해 A씨가 제기한 심판청구에 대해 두 요건의 중복적용 결정을 내렸다.
심판원에 따르면 A씨는 신축주택 감면 특례가 적용되는 1999년 10월 서울의 한 아파트를 매입한 뒤 2005년 6월 이 아파트를 7억7400만원에 팔았다. A씨는 1세대1주택의 비과세 요건과 신축주택 감면 요건이 모두 적용된다고 판단, 양도가액 중 6억원을 초과하는 부분에 대한 양도세의 20%에 해당하는 농어촌특별세 247만원만 납부했다.
그러나 국세청은 두 가지 요건 중 납세자에게 유리한 1세대1주택 비과세 요건을 적용해 양도가액 중 6억원 초과분에 대한 양도차익에 대해 양도세 1200여만원을 부과했다. 이에 A씨는 심판원에 과세불복을 제기했다.
심판원은 양도가액 중 6억원까지는 우선 1세대1주택 비과세 규정을 적용해 비과세하고 6억원 초과분에 대해선 신축주택 감면 규정을 적용, 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대해서는 양도세를 감면하고 5년 이후에 발생한 양도소득에 대해선 양도세를 과세하는 게 타당하다고 결정했다.
심판원은 결정문을 통해 "소득세법상 1세대1주택에 대한 비과세 규정과 조특법상 신축주택에 대한 감면 규정은 지원목적이 다른 별개의 제도로서 두 규정간의 중복적용을 배제하는 명문의 규정이 없다"고 강조했다.
