한참 뒤 기부채납…稅 내라니, 내 소유 아니라고?

A법인은 아동청소년 등에 대한 복지서비스 제공을 목적으로 설립(2007년)된 곳이다. 2020년에 복지사업을 하고자 16개 부동산을 샀고, 이를 보호종료청소년 지원을 위한 주거시설로 썼다. 지난해 12월엔 종합부동산세(단일세율 6% 적용)까지 납부했다.

그런데 세금까지 납부했던 A법인은 올해 1월 세무서(처분청)에 "납부세액을 환급해달라"며 경정청구를 제기했다. 공익법인에 해당한다는 이유로, 소유주택(쟁점부동산)에 대해 단일세율이 아닌 일반 누진세율을 적용해야 한다는 것이었다. 특히 재산세 납세의무가 없다면서, 납부한 종부세도 전액 환급되어야 한다고도 했다. 그러나 처분청은 공익법인에 해당하지 않는다는 등을 들며 이를 거부했다.

조세심판원에 심판청구를 제시한 A법인은 "쟁점부동산은 취득당시 기부채납을 전제로 취득세를 비과세 받았고, 사실상의 소유자는 다르므로 청구법인은 재산세 납세의무가 없다"며 "따라서 청구법인이 납부한 종부세는 전액 환급이 되어야 한다"고 밝혔다. 조세심판원의 선결정례(조심2013지415)도 내밀었다. 당시 결정문은 '과세기준일 현재 기부채납승인을 받았으나 처분청으로 소유권이전등기가 경료되지 않은 토지에 대한 재산세 납세의무에 대해 지자체를 사실상 소유자로 보고 납세의무자로 판단'하고 있다.

종부세 과세대상이더라도, 공익법인에 적용되는 일반세율로 과세를 해야 한단 주장이다. A법인은 "공익법인 중 전문모금기관으로 법정기부금단체에 해당하므로, 주택의 취득 주체가 누구인지와 관계없이 법정기부금으로 수행한 사업으로 보고 해당 사업을 공익법인이 수행하는 사업의 범위에 포함해야 한다"고 밝혔다.

하지만 조세심판원은 처분청의 손을 들어줬다(기각 결정, 납세자 패소). 심판원은 결정문을 통해 "쟁점부동산은 청구법인의 취득일(2021년 9월)로부터 상당한 시일이 지나 2023년 5월에서야 소유권이 이전됐다"며 2022년 6월 1일 현재 쟁점부동산의 소유자인 A법인에 종부세를 매긴 처분은 정당하다고 했다. 관할 지자체도 재산세 과세구분을 일반주택(아파트), 소유자는 A법인으로 해 재산을 부과했다.

심판원은 또 공익법인을 판단하는 잣대에 대해 "청국법인의 주장과 같이 해석할 경우 법정기부금을 받는 단체가 운영하는 사업에 참여하는 다른 모든 법인들에게 부당하게 세법상 혜택이 확대될 우려가 있다"고 했다. 현행 세법에선 '사회복지사업법'에 규정된 사회복지법인이 운영하는 사업을 하는 자를 공익법인으로 보고, 이때 법인 설립은 시·도지사의 허가를 받아야 한다는 전제가 붙는다. 그러나 A법인이 시·도지사의 허가를 받은 내역은 확인되지 않았다.