1. 중소기업에 대한 특별세액감면대상 업종에 과학 및 기술서비스업 등 9개 업종을 추가하고, 의료업의 경우 개인의원을 제외함(제7조제1항).
2. 기업의 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 직전 4년간 평균 연구 및 인력개발비보다 초과하여 발생하는 경우 중소기업 외의 기업에 한하여 동 초과금액에 대한 세액공제율을 종전의 50퍼센트에서 40퍼센트로 조정함(제10조제1항제1호).
3. 중소기업의 생산성향상시설투자에 대한 세액공제율을 5퍼센트에서 7퍼센트로 상향조정하고, 에너지절약시설투자에 대한 세액공제율을 10퍼센트에서 7퍼센트로 조정하되 적용시한을 3년 연장하고 수도권내 투자에 대하여도 투자세액공제를 적용함(제24조제1항·제25조의2제1항 및 제130조제1항).
4. 법인이 공장이나 본사를 수도권 밖으로 이전할 경우 법인세를 6년간 100퍼센트, 그 다음 5년간 50퍼센트 감면해주는 제도의 적용시한을 3년간 연장하고, 공장시설을 수반한 수도권내 사업영위기간에 관한 감면요건을 5년에서 3년으로 단축함(제63조의2제1항).
5. 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 완화하여 농업진흥지역내의 5년 이상 자경농지를 농업기반공사와 대통령령이 정하는 농업법인에게 양도하는 경우 양도소득세를 면제함(제69조제1항).
6. 거주자가 선박투자회사에 출자함으로써 최초로 취득하는 주식을 양도하는 경우 양도소득세를 비과세하고, 선박투자회사로부터 받는 배당소득에 대하여 종합과세하지 아니하고 분리과세하도록 함(제91조의3).
7. 종전에는 신축주택을 취득하여 양도할 경우 모든 지역에서 양도소득세가 감면되었으나, 앞으로는 부동산가격 급등지역 등 대통령령이 정하는 지역을 감면대상지역에서 제외할 수 있도록 함(제99조의3제1항).
8. 농임어업용 등 석유류에 대하여 부가가치세 등을 2005년 6월 30일까지 면제하고, 2005년 7월 1일부터 2005년 12월 31일까지 동 부가가치세 등의 75퍼센트를 감면함(제106조의2).
9. 대통령령이 정하는 자의 면세추천을 받아 대통령령이 정하는 금세공업자 등과 금융기관에게 공급하거나 금융기관간 소비대차에 의하여 공급 또는 상환되는 금지금 및 선물거래법에 의한 선물거래에 의하여 공급하는 금지금 및 선물거래법에 의한 선물거래에 의하여 공급하는 금지금에 대하여 2003년 7월 1일부터 2005년 6월 30일까지 부가가치세를 면제함(제106조의3, 부칙 제1조).
10. 근로소득자의 신용카드 등 사용금액에 대한 소득금액공제제도의 적용시한을 3년 연장하고, 직불카드 사용금액에 대하여는 소득공제율을 종전의 20퍼센트에서 30퍼센트로 상향조정하며, 소득공제 적용대상에 지로로 납부하는 수강료 등을 추가하되 신규로 출고되는 자동차 구입금액은 제외함(제126조의2제1항 및 제3항제3호).
11. 조세감면을 받은 경우에는 감면세액 상당액을 일정기간 내에 차입금상환 또는 사업용 자산투자에 사용하거나 감면세액상당액을 기업합리화적립금으로 적립하여 결손보전이나 자본전입에만 사용하도록 되어 있는 제도를 폐지하여 감면세액의 사후관리에 따른 기업의 부담을 완화함(현행 제145조 삭제 및 제146조).
