납세자가 세금을 내는데 중요한 정보인 정부의 세법해석은 원칙적으로 일반 납세자에게 공개되어야 하는데도 불구, 기획재정부의 절차상 하자로 정보제공이 제대로 이뤄지지 않았다는 감사원의 지적이 나왔다.
또 국세청은 국세법령정보시스템에 등록된 국세청의 세법해석 5건이 기획재정부의 세법해석과 배치되는데도 이를 그대로 방치해 두고 있는 것으로 나타났다.
1일 감사원이 발표한 '조세법령 및 예규통칙 운영실태 점검 결과'에 따르면 현재 국세기본법에 따라 세법해석과 관련된 질의회신은 재정부에서 관리하고 있으며, 국세청에서 법령에 따라 세법을 해석한 후 이를 등록 관리하고 있다.
특히 기획재정부에는 세법 관련 질의회신을 외부에 공개할 수 있는 시스템이 구축되어 있지 않아 시스템을 갖춘 국세청에 송부해 그 내용을 공개토록 하고 있다.
그러나 감사원의 감사기간 중인 2008년 7월 부터 2011년 4월까지 재정부에서 생산된 626중 103건의 세법해석이 국세청으로 송부되지 않아 납세자들에게 공개되지 않은 것으로 나타났다.
또한 감사원이 2008년 7월 부터 2011년 4월까지 국세청에서 생산된 1만317건의 세법해석이 국세법령정보시스템에 공개되었는지 여부를 점검한 결과, 863건의 세법해석이 공개되지 않고 있었다.
더군다나 국세법령정보시스템에 등록된 국세청의 세법해석 중 기획재정부의 세법해석과 배치되는 사항을 즉시 등록에서 제외해야 함에도 불구, 정비가 미비해 기획재정부의 세법해석과 배치된 세법해석(5건)을 그대로 방치하고 있었던 것으로 드러났다.
이에 감사원은 기획재정부장관에게 "세법의 해석과 관련된 질의회신문 사본을 국세청으로 송부하지 않아 납세자에게 미공개되는 일이 발생하지 않도록 세법해석 관리업무를 철저히 하라"고 촉구했다.
국세청장에게는 "국세법령정보시스템을 수시로 점검, 수록돼야 할 세법해석과 관련된 질의회신을 지연 수록하거나 누락하는 일이 없도록 하라"며 "기존 세법해석이 기획재정부의 세법해석과 배치되는 경우 즉시 이를 정비, 세법해석에 혼란을 초래하는 일이 없도록 하라"고 통보했다.
