대법원은 '적격합병·적격분할에 해당하는 이 사건 분할·합병으로 인하여 이 사건 양도자산이 원고나 분할신설법인에게 이전된 때를 기준으로 이 사건 양도자산의 양도가액을 법인세법 제52조 제2항이 정한 '시가'로 산정하여 교육세의 과세표준인 수익금액을 계산하는 것은 허용될 수 없다'라고 한 하급심의 판결이 타당하다고 판결하였다.
금융보험업자는 수익금액의 일정비율에 해당하는 금액을 교육세로 납부하여야 한다. 이러한 수익금액에서는 주식과 같은 자산의 양도차익도 포함된다.
이 사건에서 금융보험업자인 원고는 신용카드 사업부분을 인적분할하여 분할신설법인을 신설하고, 이와는 별개로 다른 은행을 흡수합병하였다. 이러한 분할과 합병으로 인해 원고의 자산 중 일정한 자산이 분할신설법인으로 이전되었고, 피합병법인의 자산이 원고에게 이전되었다.
그런데 당시 '분할법인이 적격분할로 유가증권을 분할신설법인에 승계하는 경우 교육세 과세표준이 되는 유가증권의 매각익은 분할등기일 현재 해당 자산의 시가에서 취득가액을 차감한 금액’이라고 한 유권해석이 있었다.
원고는 이 해석에 따라 이전된 자산·부채의 시가와 취득가액의 차액을 수익금액으로 하여 교육세를 신고·납부하였다.
원고는 이어 이 사건 분할·합병은 세법상 요건을 충족한 것으로, 자산·부채는 장부가액으로 포괄승계되어 아무런 차익이 없는데도 시가로 평가하여 그 차액에 대해 교육세를 납부하여야 하는 것은 아니라고 판단하였다. 이에 납부한 교육세의 환급을 청구하였으나, 과세관청은 이를 거부하였다.
제1심은 적격분할·적격합병으로 인하여 승계되는 자산 중 교육세의 과세표준이 되는 수익금액을 시가로 산정하는 것이 위법하다고 보기 어렵다면서 원고의 청구를 기각하였다.
그러나 대상판결의 원심(항소심)은 위 제1심 판결을 취소하고 과세관청의 감액경정 거부처분을 취소하였다.
주된 근거는 다음과 같다. ① 분할·합병으로 인하여 발생하는 자산의 이전을 통해 발생하는 양도차익은 교육세법에서 열거하고 있는 수익금액 항목으로 별도로 명시되어 있지 않다. ② 자산의 이전에 따른 양도차익은 이를 산정하는 기준이 반드시 필요한데, 교육세법은 이 사건에서 문제되는 항목들의 계산에 관하여 규정을 두고 있지 아니하다. ③ 원고는 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하여 별도의 처분손익을 인식하지 아니하였다. ④ 이 사건 분할·합병은 적격분할 또는 적격합병에 해당하여 이 사건 분할·합병으로 인한 차익은 0원으로 봄이 타당할 뿐 시가에서 취득가액을 차감하는 방법으로 계산할 법률적 근거를 찾기 어렵다. ⑤ 추후 해당 자산이 재차 양도되는 경우 동일한 자산에 대하여 이중으로 교육세를 납부할 위험을 부담하게 되어 부당하다.
과세관청은 상고하였으나, 대법원은 심리불속행 판결로써 이를 기각하였다.
수익금액은 회사의 손익에 영향을 미치는 거래 즉, 손익거래에서 발생한다. 그러나 합병·분할은 회사의 조직법·단체법상의 행위 내지 법률사실로서, 합병·분할을 통해 회사의 손익에 아무런 영향이 없다는 점에서 손익거래로 보기 어렵다. 따라서 합병·분할은 수익의 발생을 전제로 하는 교육세 과세의 계기가 될 수 없다.
또한, 합병·분할을 통해 자산·부채가 전면적 또는 부분적으로 포괄승계된다는 점에서 합병·분할은 개별적인 자산·부채의 매각 또는 처분과는 그 본질을 달리한다. 따라서 합병·분할을 계기로 회사 자산·부채의 개별적인 매각손익을 논할 수도 없다.
결국 이 사건 분할·합병은 교육세 과세의 계기가 될 수 없다고 보는 것이 타당하다.
또한, 이 사건에서 과세관청은 법규성이 인정되지 않는 유권해석을 들어 원고의 교육세 감액경정청구를 거부한 것으로 보인다.
그러나 유권해석은 납세의무의 존부 및 범위를 정하는 근거가 될 수 없다. 대상판결은 그 밖에도 이중과세의 위험이 있다는 점을 설시하였다는 점에서 납세자의 권리보호에 부합하는 판결이다. 대법원 2021. 3. 11.자 2020두55275 판결
