행정자치부 지방세심의위원회는 최근 J은행이 “새로운 유권해석을 이미 사건이 종결된 부동산에 적용, 소급해 등록세를 추징한 것은 소급과세금지 원칙에 위배된다”며 경기도 시흥시를 비롯한 4개 시장을 상대로 낸 심사청구에서 기각 결정을 내렸다.
지방세심의위원회는 결정문을 통해 “국세기본법 18조의 소급과세금지 원칙은 법조문과 관계없이 행정처분의 선례가 오래동안 반복됨으로써 납세자가 이 선례를 확신한 경우, 새로운 해석으로 인해 소급과세를 적용해서는 안되는 것으로 봐야한다”고 밝혔다.
지방세심의위원회는 이어“과세관청이 경매등기시에 납세자에게 이자채권을 비과세한다는 등의 공적인 견해를 표명한 사실이 없고, 등록세는 신고납부 방식의 채권으로써 과세관청의 수납행위는 단순한 사무적 행위인 만큼, 이것으로 인해 이자채권의 비과세 관행이 성립된 것으로 볼 수 없다”고 덧붙였다.
J은행은 1996년 4월부터 1999년 6월까지 경기도 시흥시에 있는 부동산에 대한 경매신청등기를 하면서 그동안의 관행에 따라 채권원금에 대해서만 등록세를 신고납부했다.
관할처분청은 1999년4월 경매신청등기시 등록세의 과세표준은 채권원금에 등기신청서 접수일까지의 이자도 포함된다는 행자부의 유권해석에 따라 이미 등기만료가 끝난 것에 대해서도 소급해서 등록세를 부과고지했다.
J은행은 관세관청이 묵시적으로 과거 48년동안 채권원금만을 과세표준으로 신고 납부한 것을 받아들여 세법의 선례가 된 상태에서 새로운 유권해석에 따라 소급해서 원금에 이자를 포함한 금액에 대해 등록세를 추징한 것은 소급과세금지원칙에 위배되는 것이라며 심사청구를 제기했었다.
