통상적으로 병원이나 의료 등 사회전체의 이익을 목적으로 설립된 공익법인은 상속·증여세 면제 등 특례규정을 통해 각종 과세대상에서 제외하고 있다. 그러나 공익법인이라도 제조업이나 도매업 등 수익이 발생하는 사업을 하거나 이자·배당소득, 주식·신주인수권·출자지분 양도수입, 채권매매익, 부동산 처분 수입 등이 있으면 법인세를 신고해야 한다.
국세청은 또 수익사업과 고유목적사업을 합한 자산총액이 30억 이상인 공익법인은 2년마다 출연재산의 운용과 공익사업 운영내역에 대해 변호사나 공인회계사, 세무사 등 외부전문가 3명으로부터 세무확인이 필요하다고 설명했다.
이들 공익법인이 세무확인을 받지 않을 경우 수입금액과 출연재산가액을 합한 금액의 0.07%를 가산세로 납부해야 한다.
아울러 이자소득만 있는 공익법인은 다른 소득과 달리 법인세 신고를 하지 않고 이자소득 수령시 분리과세로 원천징수하면 신고의무가 종료된다. 그러나 이자소득에 대해 법인세 신고를 할 경우 이자소득의 100%를 고유목적사업준비금으로 설정해 원천징수된 이자소득세를 전액 환급 받을 수 있다.
국세청 관계자는 이와 관련 "대부분의 공익법인들은 세무업무를 볼 수 있는 전문인력이 부족해 법인세 신고 때 실수를 하는 경우가 많다"면서 "국세청에서 보내는 안내문과 '공익법인 세무안내' 책자를 참고해 신고 때 누락이 없도록 주의해야 한다"고 밝혔다.
