이 사건에서 원고는 2010~2014 사업연도 법인세 과세표준 신고 시 결손금이 발생하였다고 신고하였다. 과세관청은 2015년 5월 28일 원고에 대하여 부당행위계산 부인을 적용하여 인정이자 상당액을 익금산입하여 원고의 2010~2014 사업연도 각 법인세 과세표준의 결손금을 감액경정하였다.
이후 과세관청은 2015년 7월 1일 원고에게 다른 사유로 가산세 부과처분을 하면서 위와 같이 경정된 과세표준을 통지하였다.
이와 관련 대법원은 "과세관청의 결손금 감액경정은 이후 사업연도의 이월결손금 공제와 관련하여 법인세 납세의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서, 항고소송의 대상이 되는 행정처분"이라고 판단하였다.
항고소송의 대상이 되는 행정청의 처분은 행정청의 공법상의 행위로서 특정사항에 대하여 법규에 의한 권리의 설정 또는 의무의 부담을 명하거나 기타 법률상의 효과를 직접 발생하게 하는 등 국민의 권리의무에 직접 관계가 있는 행위를 의미한다(행정소송법 제2조, 대법원 2007. 10. 26. 선고 2005두7853 판결).
내국법인의 각 사업연도에 속하는 손금 총액이 익금 총액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 결손금으로 한다. 각 사업연도 개시일 전 일정 기간 내 발생한 결손금은 각 사업연도 법인세 과세표준을 산정함에 있어서 각 사업연도의 소득에서 일정 비율을 한도로 공제한다(법인세법 제13, 14조).
법인세는 법인의 소득을 과세대상으로 하므로 법인의 존속기간에 걸친 소득에 대하여 과세함이 타당하지만 이는 기술적으로 불가능하므로 존속기간의 소득을 인위적으로 사업연도로 구획하여 과세하는 기간과세의 원칙을 채택하고 있다.
다만, 누진세율구조를 채택한 법인세의 경우 법인 존속기간 소득이 동일하더라도 과세기간별 소득 분포에 의하여 납세자 사이 세부담의 불공평을 초래할 수 있다. 따라서 이러한 불합리성을 시정하기 위하여 어느 과세기간에 발생한 결손금은 그 전후 과세기간의 소득금액에서 공제하는 것이다.
종래 대법원은 세무공무원이 법인의 각 사업연도의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니므로 과세표준 경정결정의 취소를 구하는 소는 부적법하다는 입장이었다. 납세자로서는 후일 결손금 감액경정 등을 전제로 하여 이루어진 후속 사업연도 법인세 부과처분을 다툴 때 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다는 주장을 다시 할 수 있기 때문이다(대법원 1986. 1. 21. 선고 82누236 판결 등).
그런데 법인세법이 2009년 12월 31일 개정되면서 제13조 제1호 후단이 신설되어 과세표준 산정 시 이월공제되는 종전 사업연도 발생 결손금의 범위가 납세자가 신고하거나 과세관정이 결정 경정한 결손금으로 제한되었다.
이에 따라 과세관청이 결손금 감액경정을 하는 경우 그러한 감액경정의 효력이 유지되는 이상 과세관청이 경정한 결손금만이 각 사업연도 소득에서 이월공제할 수 있게 되었다.
과세관청의 결손금 감액경정의 효력이 법원이나 행정심판기관에 의하여 부정되어야만 비로소 납세자가 당초 신고한 결손금을 법인세법 제13조 제1호 후단의 결손금으로 보아 이월결손금 공제가 가능하게 되었다. 따라서 납세자로서는 종전과 달리 결손금 감액경정을 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라 보아 직접 그 효력을 다툴 필요성이 발생하였다.
대상판결은 법 개정으로 종전과 달리 부당한 결손금 감액경정에 관하여 납세자가 후속 사업연도 법인세 부과처분에서 다툴 수 없게 된 상황에서, 납세자의 권리구제를 위한 새로운 불복방법을 인정하였다는 점에서 의미가 있다.
한편, 대법원 2017두63788 판결의 사안은 (i) 과세관청의 경정에 따른 익금산입액이 종전 납세자가 신고한 결손금보다 작아서 매 사업연도 "결손금 감액경정"만 이루어지고, (ii) "2015년 5월 28일" 이루어진 과세표준 경정이 "2015년 7월 1일" 납세자에게 별개의 가산세 부과처분과 함께 통지된 사안이다.
다만, 결손금 감액경정에 대한 불복이 이루어진 다른 실제 사례의 경우 (i) 과세관청의 경정에 따른 익금산입액이 납세자가 신고한 결손금보다 커서 "결손금 감액경정" 및 "소득금액 증액"이 동시에 이루어질 수 있다. (ii) 또한, 여러 사업연도 과세표준에 대한 경정이 이루어지면서 특정 사업연도 차감고지세액에 대한 납세고지서만 납세자에게 송달되고, 명시적으로 납세자에게 통지된 결손금감액경정의 처분문서를 특정하기 어려운 경우가 있을 수 있다.
참고로 최근 창원지방법원은 결손금 감액경정뿐만 아니라 과세관청이 어느 사업연도의 소득금액을 증액한 처분도 결손금 감액경정과 마찬가지로 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 판단하였다(2021. 2. 10. 선고 2018구합52318 판결).
새로운 소송형태가 개발되고 있는 것이므로, 납세자가 불복을 진행함에 있어 지장이 없도록 처분의 명확한 통지가 선행되어야 하고, 소득금액 증액만 이루어지고 차감고지세액은 없는 경우는 어떻게 다투어야 할 지에 대한 법리도 어떻게 정리가 될지 살펴볼 필요가 있다.
이때 기업 입장에서 결손금은 장래 일정한 기간에 발생할 소득에 대하여 이월공제를 통하여 소득을 차감하여 납부할 법인세를 줄일 수 있는 권리를 의미한다는 점, 기간과세의 원칙은 규범적 가치의 산물이 아니라 법인의 전 존속기간 소득에 대하여 과세함이 불가능하기 때문에 과세단위를 인위적으로 나눈 제도라는 점에 대한 충분한 고려가 필요하다고 본다. 대법원 2020. 7. 9. 선고 2017두63788 판결
