국세청은 14일 "최근 A법인이 '국세청에서 유권해석한 내용에 대해 재정경제부에 재질의한 결과 국세청과는 내용이 다른 회신(재법인-14, 2006.1.3.)을 받았는데, 누구 말을 따라야 하느냐'고 물어와 이같이 답변했다"고 밝혔다.
국세청은 예규(서면2팀-505, 2006.03.16)에서 "국세관계법규 해석과 관련해 국세청 서면질의 회신 내용에 대해 재정경제부에 재질의, 재정경제부가 국세청 회신 내용과 다르게 해석한 경우 재정경제부의 회신 내용에 따라 세법을 적용하는 것"임을 분명히 했다.
국세청에 따르면 A법인은 '업무와 관련 없는 부동산의 범위'와 관련해 지난 2004년 12월 국세청에서 납득할 수 없는 유권해석(서면2팀-2689, 2004.12.20.)을 받았다.
이후 이 회사는 똑같은 내용을 재정경제부에 다시 유권해석을 요청한 결과 만족할만한 답변은 들었지만, 같은 사안에 대해 국세청과 재정경제부라는 두 곳에서 다른 내용의 유권해석을 받았기 때문에 어느 것을 적용할 것인지가 문제가 됐던 것.
A법인이 받은 재경부 유권해석(재법인-14, 2006.01.03)은 "내국법인이 부동산을 취득한 후 '유통단지개발촉진법'에 의해 유통단지지정 및 유통단지개발사업 시행자의 지정을 받고, 유통단지 개발사업에 착수하는 경우는 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산의 범위에서 제외된다"는 내용으로 전해졌다.
