특정주식 양도에서 일부 주식 양도만 신고한 경우, 그 부분도 무신고로 봐야

일부 주식을 양도하고 양도소득세 신고를 한 후, 나중에 추가적으로 주식을 양도하여 특정주식의 양도에 해당하는 경우 특정주식 양도에 대한 양도세 신고가 없으면 세법상 무신고에 해당한다는 판결이 나왔다.

대법원은 "원고가 2008년 귀속 양도소득과세표준 확정신고를 한 것을 두고 이와 과세기간과 과세대상이 전혀 다른 이 사건 각 주식 양도에 대하여 2009년 귀속 양도소득과세표준 확정신고를 한 것으로 취급할 수는 없고, 이 사건 2차 주식 양도가 이 사건 1차 주식 양도와 합산하여 이 사건 처분의 과세대상인 특정주식 양도에 해당한다는 이유만으로 달리 볼 것은 아니다. 결국 원고는 2009년에 귀속하는 특정주식 양도소득에 대하여는 아무런 과세표준신고를 하지 않았으므로, 그 양도소득세의 부과제척기간은 5년이 아닌 7년으로 보아야 한다"고 판결하였다.

세법은 양도소득세 과세대상 재산을 구분하여 세법상 취급을 달리하고 있다. 주식의 경우 통상적으로 비교적 저율의 세율이 적용되지만, 특정주식의 양도에 대해서는 고율의 세율이 적용된다.

주식을 발행한 법인이 자산의 상당부분을 부동산으로 소유하고 있으면, 그 법인이 발행한 주식이 특정주식에 해당한다.

세법은 구체적으로 주식을 발행한 법인의 자산 중 부동산의 비율이 50% 이상이고, 주주 1인과 그 특수관계자의 주식소유비율이 50% 이상이며, 발행주식의 50% 이상이 양도되는 경우 그 양도되는 주식을 특정주식으로 규정하고 있다.

여기서 발행주식 50% 이상을 양도하는 경우에 해당하는지 여부는 3년 동안의 주식 양도를 합산하여 판단한다.

이 사건에서 원고와 기존주주는 의류사업부문과 부동산부문을 경영하고 있는 상장회사를 분할하여, 원고는 의류사업을 하는 상장회사의 주식을 취득하고 기존주주는 분할로 신설된 부동산사업을 하는 회사의 주식을 취득하고자 하였다.

상장회사를 인적분할한 후 원고는 부동산회사의 주식을 기존주주에게 주고, 기존주주는 상장회사의 주식을 원고에게 주는 방식으로 2008년에 교환하였다. 이렇게 주식을 교환한 후 남은 부동산회사의 주식을 원고는 기존주주에게 2009년에 증여하였다.

원고는 2008년의 주식 양도에 대해서는 주식 양도소득세를 신고하였다. 그러나 2009년의 증여에 대해서는 별다른 세무신고를 하지 않았다.

과세관청은 2009년의 주식 증여도 형식적으로는 증여이지만 실질은 기존주주와의 주식교환 대가라고 판단하였다.

이에 따라 2009년의 주식 증여를 양도로 보면 50% 이상 주식을 양도한 것이 되어 특정주식의 양도에 해당한다.

세법은 과세관청이 세금을 부과할 수 있는 기한을 정해두고 있다. 통상적인 경우 세금 신고기한으로부터 5년이다. 그러나 무신고인 경우 이 기간이 7년으로 늘어난다.

이 사건에서 과세관청은 2008년의 주식양도와 2009년의 주식 증여를 합하여 2009년에 특정주식의 양도가 있는 것으로 보았다. 따라서 신고기한인 2010. 5. 31.부터 7년 이내에 부과처분을 할 수 있다고 보았다.

여기에 대해 원심은 2008년의 주식양도에 대해서는 양도소득세를 신고한 이상 2008년분 주식양도에 대해서는 무신고로 볼 수 없다고 판단하였다.

따라서 2009년 주식 증여와 합하여 특정주식의 양도에 해당한다고 하더라도, 2008년 주식 양도에 대해서는 5년의 일반 부과제척기간이 적용된다고 판단하였다.

원심의 판단근거는 다음과 같다. 먼저 부과제척기간이 5년인지 아니면 7년인지는 납세자의 신고가 적법한지 여부보다는 납세자가 과세자료를 제대로 제출하였는지 여부에 따라 결정된다고 보아야 한다.

그리고 이후 주식 양도를 합산하여 '특정주식'에 관한 양도소득세 신고를 하지는 아니하였더라도 일부 주식에 관한 양도소득세 확정신고가 무효로 되는 것은 아니다. 마지막으로 이러한 경우를 아무런 신고행위도 하지 않은 무신고와 같다고 평가하는 것은 부당하다.

그러나 대법원은 원심의 이러한 판결을 뒤집었다.

대법원은 '특정주식'에 관한 양도소득세 신고가 없는 이상 일부 신고한 주식 부분까지 포함하여 그 전체를 무신고로 보아야 한다고 판단하였다.

대법원은 양도소득세는 기간과세의 원칙이 적용되어 당해 과세기간이 끝나야 납세의무가 성립하고, 당해 과세기간 중 발생한 양도소득을 합산하여 신고함으로써 구체적 납세의무가 확정된다고 보았다.

그리고 '특정주식'의 양도소득이 귀속되는 과세기간과 일부 신고된 주식의 양도소득이 귀속되는 과세기간이 다른데, 이 사건에서는 '특정주식'의 양도소득이 귀속되는 과세기간에 대한 양도소득세 확정신고는 없었다는 점을 들었다.

마지막으로 일반적인 '주식'의 양도와 '특정주식'의 양도는 전혀 다른 과세대상이므로, '주식'의 양도에 관한 양도소득세 확정신고를 두고 '특정주식'에 관한 양도소득세 확정신고를 한 것으로 취급할 수는 없다고 판단하였다.

세법은 일반적인 '주식'과 '특정주식'을 서로 다른 양도소득세 과세대상으로 규정하면서, 일련의 주식 양도가 일반적인 '주식'의 양도와 '특정주식'의 양도에 모두 해당하는 경우 '특정주식'으로만 취급하도록 규정하고 있다.

즉, 세법은 여러 과세기간에 걸친 주식 양도를 합산한 결과 '특정주식'의 양도에 해당하게 되는 경우 최종적으로 '특정주식'에 관한 양도소득세를 신고하고, 기존에 납부한 '주식'에 관한 양도소득세는 기납부세액으로 공제하는 방식을 취하고 있다.

결국 위 세법 규정에 의하면, 일반적인 '주식'에 관한 양도소득세 신고를 하였다고 하여 '특정주식'에 관한 양도소득세 신고의무가 일부 이행된 것으로 취급할 수는 없다. 이러한 점에서 대상판결의 결론은 타당해 보인다.

대상판결은 일반적인 '주식'의 양도와 '특정주식'의 양도가 서로 다른 별개의 양도소득세 과세대상임을 분명히 함으로써 그 신고의무 이행 여부도 별개로 판단되어야 한다는 점을 명확히 하였다는 데 의의가 있다. 대법원 2024. 7. 11. 선고 2021두46445 판결