재판부는 판결문에서 "원고는 대한석유협회로부터 이 사건 원유에 대해 나프타 제조용 할당관세 추천을 받았고 수입신고를 할 때 이미 피고의 전산통관시스템를 통해 신고, 대한석유협회의 할당관세 추천서가 이 시스템에 저장됐다"며 "이에 따라 이 사건 원유에 대한 할당관세 추천서 제출요건은 충족됐다"고 지적했다.
재판부는 "그러나 원고는 원유 수입신고시 실수로 할당관세 추천번호의 기재를 누락해 나프타 제조용 이외의 원유로 신고수리됐다"며 "피고는 관세법상 신고납부 원칙에 맞춰 원고의 이 사건 세액경정청구시 원유를 나프타 제조에 사용했는지 여부를 조사하면 될 것을 조사없이 이 사건 처분을 했으나 원유는 실제 나프타 제조용으로 사용된만큼 이에 맞게 할당관세율을 적용해야한다"고 밝혔다.
SK에너지는 지난 2005년 말 싱가포르의 원유회사로부터 수입한 원유 65만 배럴을 전자서류 전송시스템 방식으로 세관에 수입신고하면서 나프타 제조용 원유(할당관세율 0%)인데도 실수로 나프타 제조용 이외의 원유(할당관세율 1%)로 신고수리해 관세를 오납했다.
이에 회사는 오납한 관세 3억6천여만원과 부가세 3천600여만원을 돌려달라고 세액경정청구를 했고, 세관측은 수입신고 수리전까지 할당관세 추천서 등을 제출하지 않아 나프타 제조용 할당관세율을 적용할 수 없다며 경정을 거부하자 소송을 제기했다.
