교회법인이 소유한 부동산을 고유 목적에 사용해야하는 기간을 채우지 못하고 양도했음에도 불구, 규정에도 없는 비과세 혜택을 받아야 한다며 국세청에 낸 세금을 돌려달라고 우겨봤으나 심판원이 내린 결론은 '기각'이었다.
현행 세법상 종교단체와 같은 비영리법인의 경우 부동산 등 고정자산을 3년 이상 고유목적에 사용해야만 비과세 혜택을 받을 수 있지만, 이 교회는 고유 사용기간을 1년도 채우지 못한 것.
8일 조세심판원에 따르면 대전의 A교회는 지난 2005년 8월 취득한 토지에 교회건물을 신축해 소유권보존등기를 했으나 지난 2006년 5월 이 부지가 국민임대주택 건설사업지구에 수용돼 매각됐다.
A교회는 수용된 부동산의 양도차익에 대해 1657만원의 법인세를 냈다가, 지난해 7월 "비영리법인의 사업용부동산 양도차익은 비과세 대상에 해당한다"며 국세청에 납부한 세금을 돌려달라고 경정청구를 냈다.
국세청은 이와 관련해 "A교회가 건물과 부속토지를 1년 이내에 매각해 발생한 양도차익에 대해서는 당초 신고한 대로 법인세를 납부하는 것이 정당하다"며 경정청구를 거부했다.
그러나 A교회는 "보상금을 대체부지와 교회건물 신축을 위한 비용으로 지출해 실질적인 환지나 다름없으므로 비과세 대상이 맞다"며 국세청 처분에 불복, 다시 조세심판원에 심판청구를 제기했다.
이에 대해 심판원은 "A교회의 해당 부동산은 3년 이상 계속해서 고유목적에 직접 사용하지 않은 것이므로 정당한 사유여부에도 불구, 양도로 인해 생기는 수입은 과세대상에 해당한다"며 "국세청이 A교회의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다"고 결정했다.
심판원은 결정문에서 "법인세법 제3조 제2항 등에 따르면 3년 이상 비영리법인의 고유목적 사업에 직접 사용하지 않은 고정자산을 처분해 발생하는 수입은 법인세 과세대상이 된다"며 "비영리법인인 A교회는 부동산 취득 후 1년 이내에 양도했으므로 과세대상이 맞다"고 강조했다.
