2.부가가치세법시행령 제61조 제4항 제3호 규정에 의한 안분계산 이후 당해 과세기간의 공급가액이 발생한 경우에 대한 안분계산방법의 적용
이와 같이 부가가치세법시행령 제61조 제4항 단서 조항에 의한 예정사용면적의 비율로 안분 계산한 이후 과세 및 면세사업의 공급가액이 모두 발생하게 되는 경우에는 종전 국세청 유권해석(서면3팀-3068, 2007.11.09.)에서 '부가가치세법시행령 제61조 제4항 제3호에 의한 예정사용면적의 비율에 의하여 안분․계산하여 신고한 경우에는 이후 과세기간에 계속하여 동일한 공통매입세액 안분계산방법으로 안분계산 하는 것'이라 하여 과세 및 면세사업의 공급가액 발생 유무에 무관하게 동일한 안분계산방법을 계속 적용해야 한다고 법적인 근거도 없이 자의적으로 해석하였습니다. 그러나 부가가치세법시행령 제61조 제6항을 신설함으로써 동일한 안분계산방법을 계속하여 적용할 수 있는 법적 근거를 마련하였습니다. 따라서 과ㆍ면세 공급가액이 모두 발생하여 총공급가액 비율로 안분계산을 할 수 있더라도 2011년 1월 1일 이후 최초로 과세표준을 신고하는 분부터는 예정사용면적의 비율을 기준으로 안분계산을 하도록 하였습니다(부가가치세제과-189, 2011.03.30).
당초 해당 과세기간의 과세 및 면세사업의 공급가액이 발생되지 않아 예정사용면적비율로 안분 계산한 공통매입세액에 대하여 그후 과세기간의 공급가액의 발생 유무에 상관 없이 계속하여 예정사용면적비율로 안분계산하며 부가가치세법시행령 제61조의 2 규정에 따라 최종 확정된 사용면적의 비율로 정산해야 할 것입니다.
3. 사업장별 단위의 공통매입세액 안분
여러 개의 사업장이 있는 사업자의 경우 공통매입세액의 안분계산은 사업장 단위로 하되, 각 사업장에 공통으로 사용되는 매입세액은 각 사업장의 공급가액의 합계액으로 부가가치세법시행령 제61조의 규정에 의하여 안분계산하는 것으로(같은 뜻: 부가46015-3986, 2000.12.11. 외 다수), 과세·면세사업을 겸영하는 건설업자의 본점에서 공통매입세액이 발생하여 각 공사현장의 공급가액 합계액으로 부가가치세법 시행령 제61조의 규정에 의하여 안분계산하는 것입니다.
설령 일부 공사현장에서 과세 및 면세 공급가액이 발생되지 않았다 하더라도 다른 공사현장에서 과세 및 면세 공급가액이 발생된 경우에는 이들 공사현장에서 발생한 과세 및 면세 공급가액 합계액을 기준으로 공통매입세액을 안분계산하는 것이 타당할 것입니다.
김희만 세무사 : 다함세무법인 대표세무사(현), 국세청(1986~2000), 서울지방국세청 조사1국, 서울청 산하 세무서 법인세과 근무, 남대문세무서 과세전적부심사 위원회 및 이의신청심사위원회 위원, 서울지방국세청 과세품질혁신위원회 위원
박진호세무사 : 다함세무법인 시청본점 근무(2003년~2011년), 경희대학교 국제법무대학원 졸업(조세법무 석사), 서울지방세무사회 감리위원(전)
