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[특별기획]대·중소기업이 말하는 '세제장벽'④

미래 '먹을거리'가 달렸다…R&D 세제지원 확대하자(上)

조세일보 | 한용섭 기자 2011.07.14 11:20

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구슬은 꿰어야 보배…R&D 세제지원 실제활용 어렵다
R&D 세제지원의 '사각지대'…박탈감 느끼는 기업들

글로벌 경쟁이 점차 격화되어 가는 가운데 '생존'을 위한 힘겨운 싸움을 벌이고 있는 기업들은 신성장동력 발굴 등을 위해 연구개발(R&D)에 박차를 가하고 있다.

정부도 지속적인 성장을 가능케 하는 신성장동력 확충을 위해 조기 성과창출이 가능한 전략프로젝트를 선정, R&D 분야에 세제지원을 해주기로 하는 등 R&D 분야에 적극적인 지원책을 펼친다는 계획이다.

기업들의 R&D활동 지원은 국가의 미래 '먹을거리'를 결정할 수 있는 문제다.

엄청난 재정적자에 허덕이고 있는 미국마저 지난해 향후 10년 동안 1000억불의 세수감소를 무릅쓰면서까지 세제혜택 확대를 약속할 만큼 중요성이 커졌다.

그러나 대기업은 물론 중소기업 그리고 이제 막 중소기업에서 벗어난 중견기업들까지 정부의 R&D 세제지원은 꼭 필요하지만 이를 현실적으로 적용하는 데 어려움을 호소하면서, 대승적인 차원의 정부지원 확대를 요구하고 있는 상황.

정부가 R&D 투자를 계획하고 있는 기업들이 군침을 흘릴만한 '구슬 서 말'을 내놨지만, 이를 진짜 보배로 만들기 위한 꿰어 맞추기가 실제로는 쉽지 않다는 것도 규모의 대소를 불문하고 모든 기업들이 한결같이 내는 목소리다.

■ 구슬은 서 말인데 어떻게 꿰나…세액공제 활용 어렵다 = 최근 정부는 올해 하반기 경제정책방향을 발표하며 R&D 세액공제 대상에 고용창출효과가 큰 서비스산업을 포함시키기로 했다.

이에 앞서 기획재정부는 지난 5월 풍력과 지열에너지 등을 신성장동력에 포함시켜 일반 R&D보다 높은 세액공제 혜택을 받도록 했다.

신성장동력에는 현재 10개 분야 46개 기술에서 풍력·지열에너지, 3D·4D 등 입체영상, 스마트자동차 등 IT 융합을 추가했으며, 18개 분야 45개 기술이 포함된 원천기술에는 차세대 신공정 LCD 개발기술이 추가됐다.  

하지만 기업들은 정부의 신성장동력 및 원천기술 R&D 제도 활용에 어려움이 많다고 지적하고 있다.

지난 2010년 말 전국경제인연합회에서 R&D 투자 상위 30대 기업(응답기업 25개)을 대상으로 실시한 '신성장동력 및 원천기술 R&D 만족도' 조사에서 응답기업의 56%가 "실제 제도활용엔 어려움을 겪고 있다"고 털어놨다.

기업들이 가장 큰 어려움으로 지적한 것은 세액공제를 받기 위해선 신성장동력 및 원천기술 R&D 비용을 구분 회계처리해야 하는데 이 부분이 쉽지 않다는 것.

일반적으로 기업들의 R&D 회계시스템은 제품개발을 위한 프로젝트 중심으로 운영되고 있는데 이 제도는 해당 기술만을 별도로 회계처리하도록 규정하고 있어 기존 회계시스템을 재구축하고, 별도의 전담조직까지 꾸려야 하는 어려움이 있다는 설명이다.

■ R&D 지원의 사각지대…상대적 박탈감 느낀다 = 기업들은 R&D 지원의 사각지대에 놓인 일부 분야에서 상대적인 박탈감을 호소하기도 한다.

기간통신사업자, 방송사업자 등의 경우 의무적으로 출연하는 정보통신진흥기금 및 방송통신발전기금을 연구 및 인력개발을 위해 사용하고 있지만, 준비금 및 세액공제 혜택을 받지 못해 형평성에 위배된다는 지적이 나오고 있다.
 
정보통신진흥기금 및 방송통신발전기금 지출은 기업의 연구개발 활동을 촉진하고 미래 성장동력 강화를 위해 정부가 사업자를 대신해 연구개발을 수행하는 것에 불과하다는 것이 관련 업계의 주장.

더불어 위탁 및 공동연구개발비용도 신성장동력산업 및 원천기술에 대한 R&D 세액공제 적용대상에 포함해야 한다는 지적도 나왔다.

과거 기업들은 R&D 전담부서를 두고 폐쇄적으로 연구개발을 수행했지만 최근에는 첨단기술 개발에 소요되는 R&D 비용이 급증하고 대학, 연구소 등 지식창출의 원천이 다양해지면서 위탁 및 공동연구개발비용이 급증하고 있다는 것이 업계의 설명이다. 

이와 함께 신성장동력산업 및 원천기술 분야의 연구개발비는 자체기술연구비에 해당하는 비용으로 전담부서의 인건비와 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비만 세액 공제대상에 해당되는 것으로 범위를 제한한 점도 문제로 지적됐다.

구체적으로 세액공제 대상기술분야에서 신약을 개발하는 과정 중 일부분인 후보물질 탐색분야만 지정돼 있어 신약개발에 투입되는 연구개발비를 반영하지 못하고 있는 점이 문제라는 것.

또 친환경차 기술 중 일부 특정 기술만을 개발하는 조직 운영이 불가능함에 따라 친환경차에 대한 세액공제 제도는 현실적으로 불가능하며, 친환경차를 신성장동력 산업으로 분류한 취지에도 부합하지 않는다는 점도 문제다.

차량 연구개발의 특성상 하이브리드나 연료전지차(전기차) 등 친환경차 개발을 위해서는 핵심엔진 및 그에 연동하는 파워트레인, 차체기술까지도 유기적으로 연동시켜야 하는 것으로 일부 부품만 별도 단위로 개발하는 것은 의미가 없다는 것이 업계의 하소연이다.

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