대법원은 '사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 부가가치세의 장기 부과제척기간과 부당과소신고가산세를 적용할 수 있다'고 판결하였다.
과세당국은 부가가치세를 신고납부하여야 하는 기한으로부터 5년이 경과하면부과처분을 할 수 없다. 이러한 기간을 부과제척기간이라 한다.
그러나 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 '사기나 그 밖의 부정한 행위(부정행위)'가 있는 경우, 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 어렵다. 이러한 점을 고려하여 부정행위가 있는 경우에는 부과제척기간을 10년으로 연장하고 있다. 또한 부정행위로 세액을 과소신고하는 경우에는 40%의 가중된 가산세가 부과된다.
세법은 부정행위의 유형으로 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장, 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취, 장부와 기록의 파기, 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐, 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표를 조작하는 행위 등을 열거하고 있다.
이 사건에서 납세자는 허위의 상표권 사용계약과 자문계약을 체결하여 그 대금을 지급하였다. 이에 과세관청은 납세자가 지급한 사용료, 자문료 및 고문료가 모두 실제 용역 등의 공급 없이 지급된 가공의 비용으로 보았다. 과세관청은 납세자가 거짓 증빙 또는 문서의 작성으로 부정행위를 한 것으로 보아 가공의 비용을 부인하여 법인세를 과세하고, 허위의 세금계산서 수취에 따라 부가가치세를 과세하였다. 법인세와 부가가치세 모두 장기 부과제척기간과 부정과소신고가산세를 적용하였다.
여기에 대해 대법원은 법인세와 관련하여서는 부정행위가 인정되고, 부가가치세와 관련하여서는 부정행위가 인정되지 않는 것으로 판단하였다. 대법원은 세법상 부정행위에 해당하기 위해서는 부정행위에 대한 인식과 더불어 조세포탈의 결과에 대한 인식이 필요하다는 입장이다.
이 사건과 관련하여 가공의 문서를 작성하는 것은 부정한 행위에 해당한다. 그러나 세법상 부정행위에 해당하는지 여부는 법인세와 부가가치세의 적용에서 갈린다. 법인세와 관련하여서는 실제 발생하지 않은 비용으로 과세소득을 줄여 납부할 세액을 줄이게 되므로, 납세자에게 조세포탈의 결과에 대한 인식이 있었던 것으로 볼 수 있다.
이에 대해 대법원은 납세자가 허위의 사용계약과 자문계약을 체결하고 그에 따라 지급한 사용료와 자문료를 손금에 산입한 행위는 부정행위에 해당하므로 법인세의 장기부과제척기간 및 부당과소신고가산세 적용은 적법하다고 보았다.
그러나 부가가치세와 관련하여서는 이와 같은 조세포탈의 결과에 대한 인식이 있었던 것으로 보기 어려울 수 있다. 부가가치세에 있어 세법은 용역을 공급하는 자는 그 용역 공급가액에 대한 부가가치세를 납부하도록 하고, 그 용역을 공급받은 자는 부가가치세 매입세액을 공제받도록 하고 있다. 허위의 세금계산서라도 형식상 용역을 공급하는 자는 부가가치세를 납부하고, 용역을 공급받는 자는 부가가치세 매입세액을 공제받게 된다. 이렇게 되면 실제 용역을 공급하는 경우와 비교하여 조세수입의 일실은 없게 된다.
이러한 경우에도 부가가치세 조세포탈의 결과에 대한 인식이 있는 것으로 볼 것인지 여부가 문제가 되었다.
대법원은 납세자의 거래상대방들이 납세자로부터 지급받은 가공의 사용료, 자문료 및 고문료에 관한 부가가치세를 모두 신고·납부하였고, 나중에 이를 환급받지 않았으므로 원고가 사실과 다른 세금계산서로 사용료 등에 관한 매입세액을 공제받았다고 하더라도 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라고 인식하였다고 보기 어렵다고 판단하였다.
따라서 장기부과제척기간을 적용하여 부가가치세를 과세하고 부당과소신고가산세를 적용한 것은 위법하다고 판단하여 원심 판결을 파기하였다.
즉, 사실과 다른 세금계산서의 발급이 법인세 부과처분에 있어서는 부정행위에 해당하더라도, 부가가치세 부과처분에 있어서는 부정행위에 해당하지 않을 수 있다는 것이다.
대상판결은 국세기본법상 '사기나 그 밖의 부정한 행위'가 인정되기 위해서는 납세자에게 부정한 행위에 해당한다는 인식에 더하여 사기나 그 밖의 부정한 행위로 인해 조세포탈의 결과가 발생한다는 점에 관한 인식이 필요하다는 법리를 재확인하면서, 동일한 사실관계 하에서도 세목별로 부정행위로 인한 조세포탈의 결과 발생에 대한 인식 여부가 달라질 수 있다는 점을 분명히 하였다는 점에 의의가 있다. 대법원 2021. 12. 30. 선고 2017두72256 판결
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