대법원은 법인세와 관련하여 "각 사업연도 법인세 과세표준을 산정할 때에는 토지사용기간 만료 시 이 사건 각 건축물의 시가 자체를 전체 토지사용기간 중 해당 사업연도에 속하는 기간의 비율로 안분한 금액을 임대료로 보아 익금에 산입해야 한다"라고 판결하였으며, 부가가치세와 관련하여 "이 사건 토지의 임대용역에 대한 감정가액을 토대로 해당 부분의 시가를 산정하여 정당한 세액을 계산’하여야 한다는 하급심의 판결이 타당하다"고 판결하였다.
이 사건은 인천국제공항공사가 임차인에게 일정기간 토지를 임대하고, 임차인이 그 지상에 건축물을 지어 사용한 후 임대차가 종료하면 이를 무상으로 인천국제공항공사에 이전하기로 한 사실관계에 대한 것이다.
임대인이 나중에 건축물을 무상으로 취득하게 되므로, 나중에 받게 될 건축물의 가액을 어떤 방식으로 법인세 과세소득 및 부가가치세 과세표준에 넣어야 하는지가 문제되었다.
먼저 법인세 과세소득에 넣어야 하는 금액에 대해 살펴본다. 이 사건에서 납세자는 상당한 기간이 흐른 후에 받게 되는 건축물의 미래 시가를 현 시점의 가치로 할인한 후, 그 가액을 임대차기간에 나누어 과세소득에 넣어야 한다는 입장이었다. 이자 성격에 해당하는 현재가치와 미래가치의 차이는 기간의 경과에 따라 과세소득으로 인식하여야 한다는 것이다.
세법은 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액이 과세소득에 해당하는 것으로 규정하고 있다. 여기에 대해 대법원은 '이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액'으로서 각 사업연도의 익금에 산입할 금액은 토지사용기간 만료 시 건축물의 시가를 전체 토지사용기간 중 해당 사업연도에 속하는 기간의 비율로 안분한 금액이라고 판단하였다.
대법원은 판단의 근거로 기업회계에 따른 현재가치 평가는 세법에 규정이 있는 경우에 가능한데 임대차 종료 후 받는 건축물에 대해 현재가치 평가를 인정하는 규정이 없는 점, 건축물의 미래가치와 현재가치와의 차액인 중간이자를 추가로 각 사업연도의 익금에 산입하지 않는 이상 해당 금액이 과세대상에서 누락된다는 점을 들었다.
다음 부가가치세 과세표준에 대해 살펴본다. 부가가치세법은 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우, 당해 금액을 계약기간의 월수로 나누어 부가가치세 과세표준을 산출하도록 하고 있다.
이 사건에서는 '당해 금액'을 '토지사용기간 만료 시의 건축물 시가'로 볼 수 있는지가 문제되었다.
종전에 대법원은 건축물의 소유권을 후불 임대료로 수취하는 경우 '토지사용기간 만료 시의 건축물 시가'를 기준으로 부가가치세 과세표준을 산정하는 것이 다소 부적절하다는 방론적 설시를 하였을 뿐, 그 구체적인 이유가 무엇인지는 명확하지 않았다.
그런데 이 사건에서 대법원은 위와 같은 세법 규정이 '대가를 금전으로 받는 경우'를 전제로 하는 것이어서 대가를 금전 이외의 건축물로 받는 이 사건에는 적용될 수 없고, 대신 '실제로 공급된 토지 임대용역의 감정가'를 공급가액으로 보아야 한다는 원심의 결론이 정당하다고 판단하였다.
결과적으로 납세자는 부가가치세 과세표준 산정을 위하여 토지 임대료의 시가를 감정받아야 하고, 법인세 과세소득의 계산을 위하여 별도로 토지사용기간 만료 시점의 건축물 시가를 감정받아야 하므로 번거로운 이중 부담을 지게 되었다.
한편, 법인세 판단 부분의 경우 현재가치로 평가하면 당연한 귀결로 중간이자는 기간의 경과에 따라 과세소득을 구성할 수밖에 없을 것으로 보인다. 이자의 성격으로 보면 기간의 경과에 따라 이자소득이 발생하는 것으로 보아야 한다. 그럼에도 불구하고 현재가치 평가를 위해 중간이자를 공제할 경우 해당 금액이 과세대상에서 누락될 수 있다고 본 판단에는 의문이 남는다.
또한, 임대차 계약기간이 수십 년인 경우 그 기간이 경과한 후의 시가를 지금 감정하여 이를 과세소득에 넣는 것이 타당한지는 의문이다. 현재의 시가를 감정하는 것도 쉽지 않은데, 수 십년 후의 시가를 감정하여 과세소득으로 삼으라는 것이므로 이 부분은 입법적으로 보완이 필요할 것으로 생각된다. 법인세의 경우에도 부가가치세와 동일한 과세방법을 취하는 것도 괜찮은 대안이 될 수 있을 것으로 보인다. 대법원 2022. 1. 27. 선고 2018두39027 판결
